רפאל איתן

ביוגרפיה

איתן נולד ב-1929 בתל עדשים, בן זקונים לאליהו איתן (קמינצקי) ומרים לבית אורלוב, ממייסדי המושב. אמו נולדה למשפחת איכרים באוקראינה ועלתה לארץ ישראל ב-1904. היא עבדה בסג'רה, שם הכירה את אביו. גם אביו נולד למשפחת איכרים באוקראינה, עלה בגיל 17 לארץ ישראל והיה ממייסדי ארגון "השומר". שני הוריו היו יהודים, בניגוד למיתוס שהשתרש ולפיו רפול היה מצאצאי הסובוטניקים שעלו בעלייה הראשונה. איתן עצמו לא הכחיש את השמועות, אך בירור היסטורי העלה שמשפחתו היא משפחה יהודית מיוחסת.

לאיתן שלושה אחים ושתי אחיות: שמואל איתן, שהיה ניצב במשטרה; מתתיהו, חבר בארגון ההגנה; יוסף, שנפטר בהיותו תינוק; נחמה (מאיר) וציפורה (שחר).

רפאל איתן גדל בתל עדשים, והתגורר בו במהלך מרבית שנותיו. אביו אליהו הקנה לכל ילדיו חינוך נוקשה וקפדני תוך שימת דגש על משמעת, מוטיב שליווה את איתן ואחיו לכל אורך חייהם. נטען לא אחת שהמקור למשמעת הקפדנית שאותה תבע איתן בהיותו רמטכ"ל נבע מאותו חינוך שלו זכה בילדותו. כשהיה בן 7 לימד אותו אביו לירות ברובה הציד שלו.

ב-1946, בגיל 17, הצטרף לפלמ"ח. הוכשר כלוחם במחלקת הסיור של הפלמ"ח - מחלקת משמרות, על ידי חיים פוזננסקי שהשפיע עליו עמוקות. ב-1947 עבר הכשרה כמפקד כיתה. במלחמת העצמאות השתתף איתן בהריסת קיסריה הערבית. לאחר מכן לחם בשורות חטיבת הראל בגדוד הרביעי. הקרב הראשון שהשתתף בו היה קרב הקסטל, עם הכוח שכבש אותו בפעם האחרונה. הוא נלחם בקרב נבי סמואל ולאחר מכן הגיע לראשונה בחייו לירושלים, שם נלחם בקרב על מנזר סן סימון ונפצע קשה מכדור בראשו אולם המשיך בלחימה. בתום ההפוגה הראשונה חזר למחלקה. בהפוגה השניה נשלח לקורס קצינים מחזור ג', שבסיומו נתמנה לסגן מפקד הפלוגה. לאחר מכן עבר לגדוד העשירי.

ב-1949, לאחר המלחמה, חזר איתן למשקו בתל עדשים, ובמילואים שימש כסגן מפקד פלוגה בחטיבה 9. ב-1950 עבר עם קבוצה של חקלאים צעירים למושב פטיש וסייע לעולים חדשים בעבודה חקלאית. בקיץ 1951 התגייס לשירות קבע כקצין המבצעים של חטיבה 9. באביב 1952 עבר קורס צניחה ולמד להטיס מטוסים קלים. במהלך תקרית אש בצפון מערב השומרון פגש לראשונה את אריאל שרון. איתן סיים קורס מג"דים והתמנה למפקד פלוגה במילואים בגדוד הצנחנים 890. באמצע 1953 השתחרר וחזר למשק. בתחילת 1955 נקרא שוב לשירות מילואים. בפשיטה על משטרת כונתילה ב-28 באוקטובר 1955 הסתער איתן בראש הלוחמים, בעודו מטפס על צוק תלול, מול אש האויב, וחיסל עמדת ירי אשר הפריעה להתקדמות הלוחמים. על פועלו זה הוענק לו צל"ש הרמטכ"ל, שהוסב לאחר מכן לעיטור העוז.

תיאור המעשה: ביום ה-28 באוקטובר 1955, בפשיטת כונתילה, הסתער סרן רפאל איתן בראש אנשיו, תוך טיפוס על צוק נישא ותלול מול אש האויב, וחיסל עמדת מק"ב שבלמה את התקדמותם. על מעשה זה הוענק לו : עיטור העוז ניסן תשל"ג אפריל 1973, דוד אלעזר, רב-אלוף, ראש המטה הכללי.

בדצמבר 1955 נפצע בפעולת כנרת ופונה על גבי סירת דיג. בניתוח הוצאו שלושה כדורים מגופו, אחד מהם מהחזה. בינואר 1956 שוחרר מבית החולים ולאחר מכן הועלה לדרגת רב-סרן ונתמנה לסגן מפקד גדוד 890. בתקופת שירותו כמ"פ בצנחנים, הונהג שקצינים בכירים עוברים קורס צניחה, ואילו קצינים נבחרים יעברו קורס טיס מקוצר על מטוסים קלים. איתן עבר את הקורס וסיים אותו לאחר הפסקה ארוכה בשל פציעתו בפעולת כנרת. בתום הקורס ב-1956, הוא זכה לענוד כנפי "ק" - "טייס קישור וסיור" (בתום שנות ה-70, הומרו כנפיים אלו בכנפי טיס רגילות). ביולי 1956 יצא עם משלחת של צנחנים לתחרויות צניחה חופשית בברית המועצות. לאחר שובו נתמנה למפקד גדוד 890. במבצע קדש צנח ב-29 באוקטובר 1956 בראש גדוד הצנחנים 890 ממזרח למעבר המיתלה בחצי האי סיני, הצניחה הקרבית הראשונה בתולדות צה"ל ("מבצע מכבש").

ב-1958 יצא לקורס פו"ם במשך שנה ולאחר מכן נתמנה לסגן מפקד חטיבת הצנחנים. ביוני 1960, בהיותו סגן אלוף, יצא לארצות הברית לשנת לימודים בבית הספר לפיקוד ומטה של המארינס. לאחר שובו נתמנה לראש ענף מבצעים במטה הכללי, תפקיד שמילא במשך שנתיים, במהלכן גם למד באוניברסיטת תל אביב היסטוריה כללית, היסטוריה צבאית וגאוגרפיה של המזרח התיכון. בפברואר 1963 יצא בראש משלחת ישראלית לאליפות העולם בדאייה בארגנטינה. לקראת סוף תקופתו כראש ענף המבצעים, יצא עם משלחת של צה"ל לאתיופיה. במהלך שהותו שם, נפטר בנו הבכור, יוחנן. בתום כהונתו כראש ענף מבצעים, למד במשך שנה במחזור הראשון של המכללה לביטחון לאומי. במאי 1964 נתמנה למפקד חטיבת הצנחנים הסדירה.

בחודש אוקטובר 1966, בחג הסוכות, קבע איתן שיא ישראלי בדאייה, כאשר דאה ממנחת מגידו[דרושה הבהרה] בעמק יזרעאל לנמל התעופה אילת. בנובמבר אותה שנה פיקד על הצנחנים בפעולת סמוע.

במלחמת ששת הימים (יוני 1967), בהיותו אלוף-משנה, פיקד על חטיבת הצנחנים שלחמה תחת אוגדה 84 בפיקוד ישראל טל בקרבות בפתחת רפיח וברצועת עזה. במהלך הקרבות נתבשר שבן-אחיו, מפקד פלוגה בגדוד 890, נהרג. ביום הרביעי של המלחמה, בהיותו בזחל"ם הפיקוד, נפצע קשה מכדור בראשו במבואות רומני שבצפון מערב סיני.[דרוש מקור] הוא פונה לבית החולים בבאר שבע, שם הוצאו מראשו הכדור וכן רסיסים שנתקעו בו במלחמת השחרור. באמצע יולי העביר את הפיקוד על החטיבה לדני מט ונתמנה לתפקיד מרכֵּז לקחי המלחמה במטה הכללי. ב-3 בנובמבר 1967 התמנה למפקד חטיבת הבקעה (תחת חטיבה 80) וניהל את הלחימה בגזרה זו, שכללה מרדפים אחר מחבלים מארגוני הטרור הפלסטינים, שחדרו מעברו המזרחי של הירדן. במרץ 1968 פיקד על כוח של החטיבה בפעולת כראמה בשטח ירדן. הוא שימש מפקד הכוחות בבקעה עד יולי 1968.

ב-24 ביוני 1968 מונה איתן לקצין צנחנים ראשי במקום אל"ם אהרן דוידי. בתפקידו זה היה בדצמבר אותה שנה מפקד מבצע תשורה, שכלל פשיטה על שדה התעופה הבינלאומי ביירות והשמדת מטוסי נוסעים של חברות תעופה לבנוניות שהיו בו. ב-7 בינואר 1969 הוקמה מפקדת קצין חיל רגלים וצנחנים ראשי (קחצ"ר) ורפאל איתן הועלה לדרגת תת-אלוף והוצב בראשה. ביולי אותה שנה השתתף במבצע הפשיטה על האי גרין. בהמשך אותה שנה נשלח לבקר אצל הלוחמים הכורדים בעיראק, במטרה לבדוק אם תנאי הקרב בזירת המלחמה שלהם מתאימים לשינוי אופייה: הרחבת ממדי המלחמה ממלחמת גרילה בלבד להתקפות גלויות נגד הצבא העיראקי. במהלך הביקור נפגש עם מנהיג המאבק הכורדי, מוסטפא ברזאני, אולם מסקנתו של איתן הייתה שלילית. לאחר כארבע שנים בתפקיד קצין צנחנים ראשי, מונה ב-1972 למפקד עוצבת געש - אוגדה סדירה של פיקוד הצפון.

ב-6 באוקטובר 1973, יום פרוץ מלחמת יום הכיפורים, התגייסה אוגדתו והחלה להזרים כוחות לרמת הגולן בניסיון לבלום את צבא סוריה. משהתגייסה גם אוגדת המילואים 210 בפיקוד האלוף דן לנר, התמקד בבלימת הצבא הסורי בצפון רמת הגולן. אחרי המלחמה פיקד על כוחות צה"ל במלחמת ההתשה במובלעת הסורית. ב-29 באוקטובר 1973 העניק לו הרמטכ"ל דוד אלעזר דרגת אלוף, וב-14 באפריל 1974 מונה על ידי הרמטכ"ל מוטה גור לאלוף פיקוד הצפון. בתקופת כהונתו החל הקשר והסיוע הצבאי לנוצרים בלבנון. בסוף 1976 נפגש בסודיות, על סטי"ל של חיל הים במפרץ ג'וניה, עם מנהיג הפלאנגות, בשיר ג'ומאייל. בתפקידו כאלוף הפיקוד, היה איתן בין מקימי הגדר הטובה. באוגוסט 1977 מונה לראש אג"ם. בזמן כהונתו בתפקיד, יצא צה"ל במרץ 1978 למבצע ליטני. לפני היציאה למבצע איתן הקריא לחיילים בשטח כינוס את השיר על השחיטה של חיים נחמן ביאליק והשווה בכך את הפיגוע בכביש החוף שבעקבותיו צה"ל יצא למבצע זה, לפוגרום קישינב עליו נכתב השיר.

ב-16 באפריל 1978, מונה רפול לרמטכ"ל בהמלצת שר הביטחון עזר ויצמן, והחליף בתפקיד זה את מוטה גור. בנאום הראשון שלו כרמטכ"ל הפתיע את הנוכחים בנאום קצר בן 34 מילים. כבר בתחילת שירותו כרמטכ"ל התבלט איתן בשורת צעדים בעלי משמעות סמלית, שנועדו, כפי הנראה, להכניס רוח של משמעת ויעילות לצבא, שעדיין היה תחת הרושם הכבד של מלחמת יום הכיפורים. צעדים אלו כללו את ההוראה לחזור לחבוש את הכומתה על הראש, את ההוראה לאסוף תרמילים משומשים לאחר מטווחי ירי, את השוואת צבע מדי הבנות לזה של מדי הבנים, וקיצוץ משמעותי בלהקות הצבאיות, עד כדי ביטולן כמעט. כחלק מתפיסתו את תפקידי הצבא כחורגים מביטחון בלבד, דאג איתן לפיתוח פרויקט חיילי מקא"ם (שנודעו בכינוי "נערי רפול"), במסגרתו גויסו נערים משולי החברה במטרה לשלבם בחברה הישראלית. במקביל, קיבל רפול את הצעת פרופסור פליקס דותן ופרופסור שאול יציב מן האוניברסיטה העברית להקים את תוכנית תלפיות, שמטרתה לשלב את בוגריה ביחידות מחקר ופיתוח בצה"ל ובתעשיות הביטחוניות. ב-1979 היה איתן הרמטכ"ל הראשון שביקר בארצות הברית ביקור רשמי. בעת ביקורו בפנטגון, העניק לו מזכיר ההגנה של ארצות הברית את אות לגיון ההצטיינות.

כרמטכ"ל הוביל קו התקפי אל מול פעילות המחבלים בלבנון. במהלך כהונתו צה"ל תקף מן האוויר, באש תותחים וכן ביצע פשיטות רבות על יעדי מחבלים בלבנון, ובהם מבצע שלכת, מבצע מנורה, מבצע מתח גבוה, מבצע איש דמים, מבצע מוביל, מבצע סיגל ומבצע צלצל. בנוסף הוציא לפועל ביוני 1981 (כחודש ימים לאחר ששכל את בנו הטייס יורם בתאונת אימונים) את תקיפת הכור בעיראק, ופיקד על פעולות הצבא ופריסתו מחדש במסגרת החזרת חצי האי סיני למצרים, ובין היתר, על פינוי והריסת העיר ימית בסוף אפריל 1982.

כמפקד העליון של הצבא, המוסמך להעניק חנינות לחיילים, קיצר איתן, בצעד שנוי במחלוקת, את עונשם של חיילים שרצחו ערבים: סגן דניאל פינטו, קצין צנחנים וחתנו של דני מט, שהורשע ברצח ארבעה לבנונים בעת מבצע ליטני, אבי מכמל, מ"פ בחטיבת גולני שהורשע ברצח שבוי במבצע ליטני, אריה שדה, מג"ד בחיל ההנדסה שהורה להרוג שבוי, וישראל לדרמן, שהורשע ברצח פלסטיני בירושלים בהיותו חייל מילואים, כמעשה נקם.

ארגון אש"ף הקים בתחילת שנות ה-80 של המאה ה-20 אזורי שליטה במדינת לבנון שכללו בסיסי צבא ומצבורי נשק. ריכוז המחבלים של ארגון אש"ף התקרב לעשרת אלפים לוחמים. כוחו המדיני בלבנון גדל ובחסות סוריה וחלק ממדינות ערב חומש הארגון והיווה סכנה לגבולה הצפוני של מדינת ישראל וליציבות המשטר בלבנון. איתן, כרמטכ"ל, הגדיר את מיטוט הארגון והסבת פגיעה קשה לו ולאנשיו, והשבת הביטחון לגבול הצפון כמשימת צה"ל בעת פעולה צבאית נרחבת בלבנון. ב-3 ביוני 1982 ניסה ארגונו של אבו נידאל להתנקש בשגריר ישראל בלונדון, שלמה ארגוב. בתגובה הפציץ חיל האוויר מטרות של אש"ף בלבנון, ואלו הגיבו בירי על יישובי הצפון במטחי קטיושות עזים שנפלו גם במרכז העיר קריית שמונה.

ביום שישי, הרביעי ביוני הורתה הממשלה על פתיחת "מבצע שלום הגליל", שהחל ביום ראשון ה-6 ביוני, והוא תחילתה של מלחמת לבנון הראשונה. בבוקרו של יום שישי, לפני תחילת המלחמה נשאל בראיון שהפך מפורסם: "מה בכוונת ישראל לעשות? האם היא תפתח במלחמה?". רפול ענה בקצרה ובאופן אופייני תוך שילוב ידיו: "ואם אני יודע, אני צריך להגיד לך?"

מטרות המלחמה, שתוכניותיה נוסחו זה מכבר תחת שמות הקוד "אורנים גדול" ו"אורנים קטן", היו סילוקה של הישות הפלסטינית המזוינת מגבול הצפון, וכן כינונו של משטר שלטוני בלבנון, בהנהגת באשיר ג'ומייל, אוהד לישראל.

צה"ל מימש את מטרותיו הראשונות בסילוק אש"ף מלבנון ואף סילוק הסורים מלבנון. אחרי סילוק אש"ף מלבנון נשאר צה"ל בלבנון ופופולריות המלחמה החלה לרדת בציבור עקב הצטברות כמות נפגעים והרוגים במלחמה שהתמשכה. במהלך המלחמה הדיח רפול את אל"ם אלי גבע מתפקיד מפקד חטיבה בשל סירוב פקודה. מבחינה צבאית היה לצבא הישג מרשים בלבנון, סילוק אש"ף מלבנון, סילוק הסורים מלבנון, מבצע ערצב 19, הפלת 80 מטוסים סורים ללא אף מטוס קרב ישראלי שיורט על ידם. אך לאחר מכן אירעה שורת כשלים, אשר אחד החמורים בהם הוא הקרב בסולטאן יעקוב. התמשכות המלחמה בלבנון יצרה מחאה שהגיעה לשיאה בהפגנת השמאל כנגד אירועי סברה ושתילה.

במהלך שהות צה"ל בבירת לבנון ביירות, בספטמבר 1982, ערך הארגון הלבנוני "הפלנגות הנוצריות" טבח במחנות הפליטים הפלסטיניים סברה ושתילה שבעיר. הטבח אירע לאחר רצח בשיר ג'ומאייל, מנהיג הפלנגות, שנבחר בתמיכת ישראל לנשיא לבנון. בעקבות הרצח של ג'ומייל השתלט צה"ל על מערב ביירות, המאוכלסת במוסלמים (עד אז שלט רק בצד המזרחי, הנוצרי). טיהור מחנות הפליטים מלוחמים פלסטינים הוטל על ידי ישראל על כוחות הפלנגות. הפלנגות נכנסו למחנות הפליטים סברה ושתילה בערבו של 16 בספטמבר, ותוך זמן קצר החלו בהרג חסר הבחנה. הם יצאו מהמחנות בבוקר 18 בספטמבר על פי דרישת צה"ל, ורק במהלך היום החלו להתברר ממדי הטבח. אין ידיעה מדויקת על מספר הנספים בטבח, וההערכה היא שמדובר בכ-700 עד 800 איש.

בעקבות לחץ דעת הקהל בארץ ובעולם מונתה ועדת חקירה ממלכתית, ועדת כַּהָן, לחקור את הטבח. הוועדה קבעה כי אכן לא הייתה מעורבות ישירה של צה"ל בטבח. אולם הוסיפה כי שר הביטחון אריאל שרון אחראי בכך שהתעלם מהסכנה שהפלנגות יערכו במחנות הפליטים פעולות נקם על רצח מנהיגם. בקשר לרפאל איתן קבעה הוועדה, שהייתה לו אחריות למניעת הטבח, ושהוועדה לא תמליץ על הדחתו מתפקיד הרמטכ"ל מהסיבה שהוא ממילא עומד לסיים את תפקידו.

ב-19 באפריל 1983 סיים רפול את כהונתו בתפקיד ראש המטה הכללי, שנמשכה 5 שנים ו-3 ימים, יותר מכל רמטכ"ל אחר. לקראת פרישתו מצה"ל, המליץ לשר הביטחון משה ארנס למנות כרמטכ"ל את האלוף אביגדור בן-גל, אולם ארנס לא קיבל את המלצתו ולתפקיד מונה האלוף משה לוי. לאחר סיום כהונתו כרמטכ"ל, התנדב איתן לשירות מילואים כטייס, קיבל דרגת ייצוג של רב-סרן והשתתף במשימות קישור ומודיעין.

ארבע שנים לאחר פרישתו מתפקיד הרמטכ"ל, איים לחשוף תוכנן של שיחות טלפון של אלופי המטכ"ל בתקופתו. לדבריו קיבל אישור מהדרג מדיני לביצוע האזנות סתר, וזאת בשל מכת הדלפות.

איתן שובץ במקום ה-25 הסמלי ברשימת "שלומציון" בבחירות לכנסת ה-9, אך פרש מהמשך דרכו הפוליטית, שרק החלה, על מנת להמשיך לתפקד כאלוף פיקוד צפון, ובעתיד - גם כרמטכ"ל. לאחר פרישתו מתפקידו באפריל 1983, והחלפתו על ידי רב-אלוף משה לוי, נכנס איתן לפוליטיקה בשנית. זה מכבר הייתה לו תדמית של "הישראלי השורשי". בעל רקע חקלאי, בעל תחביבים כנגרות, ודאייה בדאון (הוא היה אף בעל רישיון טיס), ובמיוחד בשל האופן הישיר והמשובש לעיתים בו התבטא, נמשכו חוגים רחבים בציבוריות הישראלית אל דמותו. כן בלט בדאגתו לעניינים אקולוגיים - ידועה קריאתו "להתקלח בזוגות" לשם חיסכון במים. האמין גם, כי על האזרח לקחת כמה שיותר יוזמה בנושאים שונים (למשל, להיות "פועל הניקיון" של סביבתו) וכי יש לצמצם ולפשט את הבירוקרטיה בישראל. בתחום הכלכלי, דגל בכלכלת שוק.

טיפוסית היא התבטאותו ב-12 באפריל 1983 בוועדת החוץ והביטחון של הכנסת לפיה יש להגיב לזריקת אבנים בכבישי יהודה ושומרון בתגובה ציונית הולמת של הקמת יישובים עד שהערבים יוכלו רק "להתרוצץ כמו ג'וקים מסוממים בבקבוק".

בתחילה היה פעיל במסגרת חוג עין ורד, "חוג נאמני ארץ ישראל השלמה של ההתיישבות העובדת" ולאחר מכן במסגרת מפלגה עצמאית בשם צומת. רפול ייצג קו מדיני ימני נוקשה ובלתי מתפשר מחד, וליברליות בנושאים הנוגעים לדת ולמדינה מאידך. הוא נבחר לכנסת ה-11 במסגרת רשימת התחיה-צומת, ובכנסת ה-12 שימש בתפקיד שר החקלאות בין השנים 1990–1991.

לקראת הבחירות לכנסת ה-13 ב-1992 הנהיגה מפלגת צומת תעמולת בחירות שמוקדה בדמותו של רפאל איתן. על פי סקרים שעשתה המפלגה בחודשים שלפני הבחירות, נמצא שעיקר התמיכה במפלגה נובעת מהערכה אישית לאיתן. תומכים מהמעמד הנמוך הדגישו במיוחד את עברו כרמטכ"ל, את התוכניות החינוכיות שקידם בצבא ואת תמיכתו ברפורמה בחינוך. תומכים ממעמד הביניים הדגישו יותר את יושרתו, התנגדותו לכפייה דתית, תמיכתו בגיוס בחורי ישיבות ואת תמיכתו בשינוי שיטת המשטר. בנוסף נמצאה בסקרים קבוצה גדולה של מצביעים ששקלה להצביע עבור צומת בגלל עמדותיו הביטחוניות, שכללו התנגדות לנסיגות ברמת הגולן וביהודה ושומרון ותגובה נוקשה נגד הטרור.

בבחירות עצמן הצליחה תנועת צומת להשיג הישג יוצא דופן של שמונה חברי כנסת, אשר פרט לרפאל איתן לא היו מוכרים במיוחד לציבור. רפאל איתן השאיר את תנועתו באופוזיציה, ולא הצטרף לממשלתו של יצחק רבין. בצומת החלו סכסוכים פנימיים ואיתן לא הצליח לשלוט בסיעתו החדשה. בינואר 1994 פרשו מהסיעה שלושה מחבריה, גונן שגב, אלכס גולדפרב ואסתר סלמוביץ, והקימו את סיעת יעוד. סיעה זו הצטרפה בינואר 1995 לקואליציה ולממשלת יצחק רבין, ובזכות תמיכתה אושר בכנסת הסכם אוסלו ב'.

בבחירות שהתקיימו בשנת 1996, שהיו לראשונה בחירות אישיות לראשות הממשלה, הייתה תמיכתו של רפול חשובה, שכן הבחירות הוכרעו לבסוף בהפרש של כאחוז מכלל הבוחרים. רפול החליט לרוץ עם מפלגת הליכוד, שרצה בבחירות אלו כתנועה מאוחדת עם מפלגתו "צומת" ועם מפלגת גשר שבראשות דוד לוי. לאחר ניצחון בנימין נתניהו בבחירות, הובטח לו תפקיד השר לביטחון פנים, אך עקב חקירה פלילית שהתקיימה נגדו על שימוש פוליטי בפרטים אישיים שהוצאו ממאגרי מידע צבאיים (לאחריה הוא הועמד לדין והודה בעובדות כתב האישום, אך נפסק שעובדות אלה אינן מהוות עבירה), הוא היה מנוע מלכהן בתפקיד זה. רפול קיבל את התפקיד של שר החקלאות ואיכות הסביבה, וכן מונה לסגן ראש הממשלה. כשר החקלאות מינה את רפי רמון ליושב ראש צוות ההיגוי להקמת מרכז לחקלאות מתקדמת במקווה ישראל. הייתה זו תקופת כהונתו האחרונה בכנסת ובממשלה. השפעתו בתקופה זו הייתה שולית, והתמיכה הציבורית שלה זכה התמעטה והלכה.

לקראת הבחירות בשנת 1999 כשלו המגעים של צומת בראשות איתן לרוץ שוב ברשימה משותפת עם הליכוד, והמפלגה התמודדה בבחירות באופן עצמאי, קיבלה רק 4,128 קולות, ולא עברה את אחוז החסימה.

בבחירות לכנסת השש עשרה שהתקיימו בשנת 2003 התמודדה צומת בראשות משה גרין, שקיבלה את ברכתו של איתן, אך הוא לא היה ברשימתה לכנסת, ולמעשה פרש מעסקי הציבור. צומת שוב לא עברה את אחוז החסימה, וזכתה רק ב-2,023 קולות.

ב-23 בנובמבר 2004 הגיע, כמדי בוקר בשלוש השנים האחרונות לחייו, עם מכוניתו לנמל אשדוד, מתוקף תפקידו בהנהלת החברה הקבלנית שזכתה במכרז להקמת "נמל היובל" כאחראי על הקמת שובר הגלים במקום. הוא יצא ממכוניתו על מנת לבדוק את נזקי הסערה שהתחוללה במקום בלילה הקודם, ואז ככל הנראה פגע בו נחשול מים, העיפו לים והטביעו. גופתו נמשתה מהמים לאחר זמן קצר על ידי אנשי חיל הים, והוא נקבר ביום המחרת בתל עדשים.

תחקיר שפורסם ב"ידיעות אחרונות" העלה שורת ספקות בשאלה אם המוות של איתן היה תאונה. התחקיר הסתמך על שחזור נסיעתו על המזח ויציאתו מהרכב, וכן על בעיות אליהן נקלע בחודשי חייו האחרונים. אלמנתו הכחישה את האפשרות שהייתה זו התאבדות.

אחר מותו נקראו מספר פרויקטים מרכזיים בישראל על שמו. הנמל בו מצא את מותו נחנך באוגוסט 2005 ונקרא על שמו "נמל איתן". קטע כביש בכביש 60, מצומת תל עדשים ועד למבואות נוף הגליל, העובר בדרכו מעל גשר ודרך מנהרה שנחצבה בהר הקפיצה, נקרא אף הוא על שמו. הכביש נחנך בנובמבר 2008, אך כאשר הסתבר לראש עיריית נצרת, ראמז ג'ראיסי, כי הכביש נקרא על שם איתן, נטש ג'ראיסי את הטקס.

בשנת 2004, במסגרת הארגון החברתי מעשה הוקם גרעין התנדבות הקרוי על שמו של רפול - גרעין איתן. גרעין איתן הוא גרעין המיועד לצעירים מהמגזר היהודי בגילאי 18–22 תושבי פריפריה גאוגרפית וחברתית. ייעוד הגרעין הוא מתן הזדמנות לצאת לשנת התנדבות ומסלול נח"ל לצעירים אשר עד כה לא ניתנה להם האפשרות.

ב-2010 נקראו על שמו בסיס האימונים של חטיבת הצנחנים, וכן תיכון מקיף רמת גן ע"ש רפאל איתן.

עמותת "רפול" להנצחתו יזמה מספר רב של פעילויות - מפעל של מלגות שניתנות על שמו ופרס שנתי, הקמת אתר מבקרים בתל עדשים, הקמת מכון מחקר בנושא התיישבות וביטחון במכללת עמק יזרעאל ופעילויות נוספות ברוח זו.

ב-2018 נקראה על-שמו של איתן תחנת הרכבת עפולה, שנמצאת במרחק קילומטרים אחדים ממושבו תל עדשים.

במצפה רמון פועלת מכינה קדם צבאית "אשר רוח בו" ע"ש רפאל איתן, הפועלת בקרב נוער מהפריפריה החברתית-כלכלית בישראל.

בינואר 1952 נשא רפול לאישה את מרים (1930–2020), אותה הכיר בתל עדשים כשהיה בן 8. מרים ילידת גרמניה, בת לאם נוצרייה ואב יהודי, עבדה כאחות ראשית בבית החולים העמק), אם חמשת ילדיו:

שנים אחדות לפני מותו התגרש מאשתו מרים ונשא לאישה את עפרה מאירסון, מנהלת פנימיית אהבה ופעילת שמאל. בריאיון לעיתון בשנות האינתיפאדה הראשונה סירבה מאירסון להתייחס לשאלות על יחסו של בעלה לקריאותיה בעד סרבנות. לאחר מותו התפרסם ריאיון עם מאירסון, שבו טענה כי למרות תדמיתו הקשוחה בציבור, רפול סבל מטראומה שנבעה מתקופת שירותו הצבאי.