יוסף בן מתתיהו

ארבעת ספריו שחיבר ברומא בשפה היוונית השתמרו לדורות בשלמותם, אירוע נדיר למדי בקרב סופרי העת העתיקה שרוב חיבוריהם אבדו. זאת עקב הערך המוסף שהיה לחיבוריו "מלחמת היהודים" ו"קדמוניות היהודים" לתאולוגיה הנוצרית, דבר שהשפיע גם על השתמרות שאר חיבוריו עד לימינו. בניגוד לכנסייה, המסורת הרבנית לא הכלילה בתוכה את כתביו ועניין יהודי מחודש בהם התעורר רק במאה ה-19.

משפחתו, ילדותו ונעוריו

קורות חייו ידועים לנו רק על סמך חיבוריו, ובייחוד מספרו האוטוביוגרפי המכונה לימים: "חיי יוסף". על פי דבריו הוא נולד בירושלים למשפחת כוהנים מיוחסת למשמרת הראשונה מבין 24 משמרות הכהונה, ואף מצד אמו הוא היה נצר למשפחת החשמונאים, דור שביעי ליונתן בן מתתיהו.

יוסף מספר על עצמו שחונך ביחד עם אחיו, מתתיהו, וטוען כי בהיותו ילד היה נחשב לתלמיד מצטיין, בזכרונו ובשכלו. ככל הנראה למד בצעירותו יוונית בסיסית, כמו ילדים אחרים שהשתייכו למעמדו החברתי.

לדבריו, בגיל 16 החליט לבחון את שלוש הכתות שהיו ביהדות באותה העת: הצדוקים, הפרושים והאיסיים. לאחר מכן שהה כ-3 שנים במדבר כתלמידו של אדם בשם 'בנוס' שהיה לבוש קליפת עצים, ניזון מצמחי בר בלבד והיה נוהג לטבול פעמים רבות במים קרים "לשם פרישות וטהרה". בגיל 19 חזר לירושלים, בחר להצטרף לפרושים והחל לעסוק בעניינים ציבוריים. אלא שהנתונים בדבריו אלו מעלים בעיה כרונולוגית, מאחר שלא ברור מתי הספיק להתנסות בכל אחת משלוש הכתות.

בגיל 26 נסע לרומא, כדי ללמד זכות על כמה כוהנים ממקורביו, שאנטוניוס פליקס - נציב יהודה, שלח אותם לקיסר רומי שידון אותם לענישה. בדרכו לרומא, בעודו בים האדריאטי, טבעה ספינתו, אולם הוא הצליח להימלט מטביעה ולעלות על ספינה קירנאית. ברומא פגש שחקן ממוצא יהודי בשם אליטורוס, אשר היה אהוב על הקיסר נירון ובקשריו סייע בעדו לפגוש את פופיאה סבינה (אנ'), אשת הקיסר, שהביאה לשחרור הכוהנים ואף העניקה לו מתנות. שיגורו לרומא בא ככל הנראה בזכות ייחוסו המשפחתי ככוהן וקשריו החברתיים בתוך האריסטוקרטיה השלטת שבראשה עמדו משפחות הכהונה הגדולה.

מפקד הגליל במרד הגדול

לאחר ששהה כשנתיים ברומא, חזר יוסף ליהודה בתחילת שנת 66, כאשר כבר החלו המהומות בירושלים ונתרבו בה הקריאות למרד בשלטון הרומי. לאחר מפלת קסטיוס גאלוס, הבינו "נכבדי ירושלים" כי המורדים מחזיקים בנשק רב שעלול להיות מופנה גם נגדם. כאשר נודע להם כי חלקים בגליל עדיין לא מרדו ברומאים, נשלח לשם יוסף יחד עם שני אנשים נוספים ממשפחות כוהנים, כדי לשכנע את המורדים למסור את נשקם לידי "נכבדי העם", שהחליטו לאסוף נשק ולהתכונן לעימות עם הרומאים, אך לעת עתה לחכות. כשהגיע לגליל, סיפרו לו התושבים על האירועים שקרו בציפורי, טבריה, גוש חלב וגמלא, והוא דיווח על הכל בכתב לסנהדרין בירושלים. בעקבות זאת קיבל פקודה להישאר "ולדאוג לביטחון הגליל".

בסוף שנת 66, כאשר הוקמה ממשלת המרד בתקופת המרד הגדול, הוחלט למנות את יוסף המתון, שהיה אז בן 29, למפקד הגליל, וזאת למרות חוסר ניסיונו בארגון צבאי. כמו שליחותו לרומא שלוש שנים לפני כן, גם מינויו למשרה זו, השנייה בחשיבותה בממשלה הצעירה, מקורו ככל הנראה בייחוסו המשפחתי-חברתי. בן מתתיהו ארגן את החיים בגליל, ביצר ערים וכפרים, הקים לצדו סנהדרין בת 70 זקנים, מינה מנהיגות מקומית בת 7 שופטים בכל עיר, וגייס צבא שמנה אלפי צעירים, אותם צייד בכלי נשק ישנים. יוסף מעיד כי לצורך הכנת הנשק וביצור הערים, החליט קודם כל "להשליט שלום בגליל". לשם כך נאלץ להשתמש בתחבולות שונות כלפי הגורמים השונים שפעלו שם. בין השאר, הוא הזמין אליו את הקשוחים שבמורדים וכשהבין כי לא יוכל לפרוק אותם מנשקם, שכנע את התושבים לקבוע להם "משכורת" תמורת ישיבתם בשקט עד שייקראו לדגל.

כשהלך יוסף לציפורי כדי לברר את מוכנותה למרד, תושביה, שהחליטו להישאר נאמנים לרומא, חששו מהצקותיו ושכרו את יהושע, "ראש השודדים" שעמד בראש 800 איש, שיתקוף אותו כשיגיע אל העיר. יוסף, שהוזהר מראש, אסף אנשים חמושים ומנע מהחיל להיכנס אל תוך העיר והתיר זאת רק ליהושע ומפקדיו. הוא ציווה עליו להתפרק מנשקו והבטיח לסלוח לו ולשחרר אותו אם יהיה נאמן לו. יהושע הסכים ויוסף הזהיר את תושבי ציפורי שאם ימשיכו בדרך זו יעניש אותם.

כאשר שלח המלך אגריפס השני צבא לכבוש את גמלא, שמע אבוטיוס, שר-עשרה, שיוסף נמצא בכפר קרוב למקום בו חנה, ויצא בלילה עם פרשיו וחייליו לתקוף את יוסף, שהתייצב מולו עם חיל גדול. לאחר שלא הצליח להביא את הקרב אל המישור, בו יש לפרשיו יתרון, עזב אבוטיוס את האזור, אולם יוסף המשיך בעקבותיו ועמו אלפיים חמושים, עד בית שערים, שם החרים מאסמיה של ברניקי את התבואה שאספה מכפרי הסביבה ושלח אותה לגליל. לאחר שאבוטיוס חשש להתמודד עם חילו של יוסף, פנה יוסף לטפל בניאופוליטנוס, שלישו של קסטיוס גאלוס, שהופקד לשמור על בית שאן והיה שודד את מחוז טבריה.

בתקופת כהונתו כמושל הגליל מטעם ממשלת המרד, נתקל יוסף בן מתתיהו בעימותים עם מנהיגים מקומיים ובניסיונות להדיחו מתפקידו. יריבו הגדול בתקופה זו היה יוחנן מגוש חלב. מאבקו ביוסף לא בהכרח היה קשור ליחס לרומא. נראה כי היריבות ביניהם לא הייתה בעלת אופי רעיוני, וכי הריב היה במסגרת השקפות דומות. יוסף מאשים את יוחנן בחתירה תחתיו מתוך קנאה באהדת הגליליים כלפיו, וזאת באמצעות הסתת תושבי הערים הגדולות של החבל נגדו, במטרה להחליפו כמפקד הגליל. בספרו הראשון, "מלחמת היהודים", משתמש יוסף לגבי יוחנן בכינויי גנאי חריפים ומאשים אותו האשמות חמורות מאוד. בין היתר, בכך שהתעשר מנוכלות (ספסרות), הקים כנופיית ליסטים, התנכל לו אישית מתוך שאיפה לתפוס פיקוד על הגליל, הציב מארב כדי לחסלו, והפיץ עליו שמועה בדבר בגידה. להתקפה חריפה זו אין מקבילה בספרו המאוחר "חיי יוסף". שם, לעומת זאת, כשיוסף מציג את יוחנן לראשונה בפני הקוראים, הוא מאפיין אותו כשוחר שלום, שניסה להרגיע את רוחם של תומכי המרד בעירו ודרש מהם לשמור "אמונים לרומאים", ומציין כי יוחנן שיקם את גוש חלב למצב טוב יותר משהיה.

בפגישה הראשונה ביניהם, בגוש חלב, ביקש יוחנן מיוסף רשות להחרים את התבואות שנשמרו בכפרי הגליל העליון כמס-התבואה לקיסר, ולהשתמש בכסף תמורתן לבניית חומה לעירו. יוסף לא הסכים למכירת התבואה, אך היה בדעת מיעוט, כאשר שני השליחים האחרים שהגיעו איתו מירושלים הסכימו להתיר זאת. מאוחר יותר ביקש יוחנן רישיון למכירת שמן ליהודי קיסריה פיליפי הסגורים בעיר. יוסף נאלץ להסכים לכך בניגוד לרצונו, מתוך פחד שההמון יסקול אותו אם יסרב.

לטענת יוסף, יוחנן הסית את אנשי טבריה, ובראשם יוסטוס ואביו פיסטוס, למרוד ביוסף ולהתחבר אליו. כאשר נודע על כך ליוסף בכפר קנה בו התגורר, יצא יחד עם אנשיו בלילה לטבריה. הוא התקבל על ידי התושבים ולכן שחרר את שומרי ראשו מלבד אחד מהם. באצטדיון של העיר הזהיר את התושבים מפני בגידה במושל החוקי של הגליל. כששמע יוחנן שיוסף נותר כמעט ללא שמירה, פקד על אנשיו להרוג אותו. יוסף הצליח לברוח עם שומר ראשו ואחד התושבים הבריח אותו אל הכנרת, שם קפץ לסירה והגיע לעיר מגדל. תושבי מגדל זעמו על התמרדותם של תושבי טבריה. הם פרסמו את הדבר בקרב תושבי הגליל ודרשו להסתער על טבריה, אולם יוסף הרגיע את זעמם ואמר: "הרומאים רק מצפים לזה שתשמידו איש את אחיו במלחמת אחים". לאחר שחזר יוחנן לגוש חלב, שלח מכתב אל יוסף ובו נשבע כי המקרה קרה בניגוד לרצונו.

כמה צעירים, מהצופים שהציב יוסף בעמק יזרעאל, שדדו את השיירה של מנהל המשק של אגריפס וברניקי והביאו את השלל אל יוסף במגדל, אולם זה סירב לתת להם חלק מהשלל והתכוון להשיב את הרכוש לבעליו. בתגובה, הלכו הצעירים הזועמים בלילה לכפרים באזור טבריה והודיעו לתושביהם שיוסף הוא בוגד. לפנות בוקר הגיעו אלפי אנשים חמושים להיפודרום במגדל ודרשו להדיח אותו מתפקידו. כמה אנשים חמושים הגיעו לביתו של יוסף, שננטש על ידי שומריו, בכוונה להרוג אותו, אולם יוסף חמק מביתו והגיע אל ההיפודרום כדי לדבר אל ההמון וטען כי שמר את השלל לצורך בניית החומה של מגדל והבטיח לבצר גם את טבריה. הקהל האמין לדבריו והתפזר לביתו.

תושבי טבריה החליטו לפעול בשני ערוצים במקביל. הם דרשו מיוסף להתחיל בבניית החומה שהבטיח להם, אך גם כתבו לאגריפס שהחליטו לעבור לצדו וביקשו ממנו שישלח צבא להגן עליהם. כעבור 3 ימים מתחילת בניית החומה, נראו כמה פרשים רומיים בקרבת העיר, מה שעורר בקרב התושבים את התקוה שצבאו של אגריפס הגיע ואלה החלו בקריאות תמיכה במלך וגידופים נגד יוסף. כשנודע ליוסף במגדל על החלטת תושבי טבריה להפר את בריתם איתו, הוא החליט להשיב את מרותו עליהם מיד, אלא שמכיוון שהיה זה ערב שבת, שחרר קודם לכן את חייליו וכך נותר עם שבעה מלווים חמושים בלבד. במקום עימות חזיתי, בחר שוב להשתמש בתחבולה. הוא ציווה על הגברים במגדל להוריד סירות לים ולשוט כל אחד עם מלח אחד לטבריה. אנשי טבריה, שנוכחו לדעת שצבא אגריפס לא הגיע, אך לעומת זאת הגיעו מן הים 230 סירות, חשבו כי הן מלאות חיילים ונכנעו מיד וביקשו מיוסף שיחוס על עירם. יוסף נזף בהם על כך שהם "מכלים את כוחם במלחמות אחים", אף על פי שהחליטו על מלחמה ברומאים, ומלחמות אלו הן "לשמחת נפש שונאיהם". הוא דרש שימסרו בידיו את כל חברי מועצת העיר ורבים מנכבדיה, ושלח אותם בסירות למגדל כבני ערובה. בעקבות מאסרם, ביקשו התושבים מיוסף שיעניש את האיש שעורר את המרד, יהודי "צעיר עז לב ואמיץ" בשם קליטוס. בהוראת יוסף, נאלץ הצעיר לקצץ בעצמו בחרבו את ידו השמאלית וכך המרד הגיע לסיומו. כשחזר למגדל, הוציא יוסף את ראשי טבריה מהמאסר, ובהם גם יוסטוס ואביו, והזמין אותם לסעודה, במהלכה אמר להם כי הוא מכיר את עוצמת כוחו של הצבא הרומי אך נמנע מלדבר על כך בפני המורדים, וכי הוא מייעץ גם להם "לחכות לשעת הכושר".

יוחנן שלח שליחים לירושלים, לבקש משמעון בן גמליאל שישכנע את חבריו בממשלת המרד להעביר את יוסף מתפקידו בגליל, ולטענת יוסף, ביקש ממנו לקבל בעצמו את התפקיד ואף הזהיר כי אם לא ייעצר בזמן, יבוא יוסף עם צבאו לירושלים להיות בה "מושל עריץ". שמעון בן גמליאל היה חברו של יוחנן, אך יוסף מתוודה גם כי איתו, עם יוסף, "לא היה לבו שלם". שמעון שכנע את הכוהנים הגדולים לשעבר חנן בן חנן ויהושע בן גמלא ואישים נוספים להעביר את יוסף מתפקידו ולהרחיק אותו מהגליל והאיץ בחנן וחבריו למהר לעשות זאת, לפני שהעניין ייוודע ליוסף, שעלול להגיע עם צבאו ולהשתלט על ירושלים. לטענת יוסף, חנן חשב כי הדבר אינו פשוט, מאחר שיש ליוסף תמיכה בקרב רבים מן הכוהנים הגדולים ומראשי העם, אולם בסופו של דבר החליטו חנן ואנשיו לגרש את יוסף מהגליל ושלחו ארבעה שליחים לגליל, ובראשם פרושי בשם יונתן, להודיע על פיטוריו של יוסף. השליחים יצאו בלוויית מאות חמושים, והפקודה שניתנה להם הייתה להביא את יוסף חי לירושלים, ואם יתנגד - להורגו. במקביל, נשלח מכתב ליוחנן המורה לו להתכונן להילחם בו ונשלחו מכתבים לערים הגדולות של הגליל, ובהם פקודה לשלוח ליוחנן סיוע צבאי.

יוסף מספר כי הדברים הללו נודעו לו ממכתב שקיבל מאביו בירושלים, שקיבל את המידע הפנימי מיהושע בן גמלא, שהיה ידידו של יוסף. הוא מספר כי הצטער מאוד בשל בקשותיו של אביו במכתבו לבוא אליו לירושלים, כדי שיוכל לראותו לפני מותו. הוא החליט שכעבור 3 ימים יעזוב את הגליל ויחזור לירושלים ועדכן את ידידיו בגליל על החלטתו. לדבריו, ידידיו הפצירו בו שלא יעזוב אותם אך הוא בחר להתעלם מבקשותיהם כי חשש לחייו. מתוך פחדם מפני אנארכיה ושלטונם של "השודדים", הפיצו ידידיו את השמועה על עזיבתו הצפויה, שהביאה תושבים רבים מהגליל להגיע לשיחין, המקום בו חנה יוסף באותו הזמן, כדי לבקשו להישאר. יוסף מסביר באופן מפוכח את המניע לבואם: "לא מרוב אהבתם אלי כי אם מחרדתם לנפשותיהם". באותו הלילה שינה את דעתו והחליט להישאר. הוא אסף אלפי אנשים חמושים, בנוסף לאלפי החיילים והפרשים שאיתו ויצא לכבול ליד עכו, שם נערך לקרב נגד פלקידוס, שנשלח על ידי קסטיוס גאלוס לשרוף את הכפרים הקרובים לעכו וכבר שפך סוללה לפני העיר. אולם מלבד "קרבות זעירים", עימות רציני לא התרחש.

המשלחת מירושלים הגיעה לגליל ובינה ובין יוסף החלה מתנהלת מלחמה פסיכולוגית. יונתן שלח מכתב אל יוסף ובו ביקש ממנו להגיע בלוויית אנשים מעטים בלבד אל הכפר כסלות בו חנתה המשלחת, כביכול כדי לדון בדרך הטיפול בהטלת מרות על יוחנן. יוסף השיב במכתב למשלחת כי ישמח למסור להם את הפיקוח על הגליל ולחזור לירושלים, אולם לא יוכל להגיע אליהם כי הוא עסוק במערכה נגד פלקידוס, שמתכנן לעלות על הגליל, ולכן הוא מזמין את המשלחת אליו. את המכתב שלח עם 30 "מנכבדי הגליל" שנצטוו לברך את צירי המשלחת אך נאסר עליהם לדבר איתם מעבר לכך ולכל אחד מהם הצמיד חייל שישגיח על כך. המשלחת שלחה מכתב שני ובו פקדה על יוסף להגיע בתוך יומיים אל הכפר גברות (גברה) ללא אנשי צבא. בינתיים, עברה המשלחת בין כמה כפרים בגליל ולטענת יוסף, בכל אחד מהם התקבלה על ידי התושבים בקריאות תמיכה בו ועוינות כלפיה. כאשר הגיעה לגברה נפגשה המשלחת עם יוחנן וחייליו. יוסף לקח איתו את חייליו והגיע ליודפת ומשם כתב למשלחת תשובה, כי הוא מוכן לפגוש אותה בכל מקום בגליל, מלבד גוש חלב, עירו של יוחנן, וגברה, הכפר שכרת איתו ברית. המשלחת לא השיבה, אלא כנסה אספה אליה הוזמן גם יוחנן, כדי להחליט מה לעשות.

על פי הצעת יוחנן, החליטה המשלחת לשלוח מכתבים לכל הערים והכפרים בגליל וגם לירושלים, הקוראים למלחמה ביוסף "כבאויב העם", ואמורים להטיל פחד על תומכיו ולגרום להם לנטוש אותו. יוסף ציווה להציב משמר של מאות חיילים על הדרכים המובילות מגברה אל הגליל ואל ירושלים ולאסור את כל העוברים והשבים שיש בידם מכתבים. במקביל, אסף צבא וחנה מול גברה. המשלחת התבצרה בבניין גבוה בכפר וחיכתה לכניסתו של יוסף פנימה. כאשר נכנס יוסף לכפר, נכנס למלון מול הבית בו התבצרו ועשה עצמו ישן. המשלחת המתבצרת ניצלה את ההזדמנות ויצאה לשכנע את אנשיו של יוסף כי יש להם "מפקד רע". הגליליים הביעו תמיכה במפקדם ויוסף יצא להתעמת עם המשלחת. הוא ציווה על חבריה להישאר במקומם בזמן שהוא מוכיח אותה ומראה וקורא את מכתביה לקהל האוהד. ההמון הזועם התנפל על חברי המשלחת, אך יוסף בלם אותו ושחרר את המותקפים, אז הוציאו האנשים את זעמם על הבית בו התבצרה המשלחת. כדי שלא יואשם "כמעורר למלחמת אחים", ציווה יוסף על ההמון ללכת אחריו לכפר סיכני, שם הרגיע את האנשים ופקד על מאה אנשים זקנים ללכת לירושלים, להתלונן על חברי המשלחת "מחרחרי הריב" ולבקש מהשלטון שיורה לו להישאר בגליל ויורה למשלחת לשוב לירושלים.

כעבור 3 ימים שלח יוסף בסודיות את המשלחת שלו בלוויית אנשים חמושים וביקש מ"ידידיו" בשומרון, שהייתה כבר בידי הרומאים, שידאגו לשלומם בדרכם. את מקום מושבו העביר אז לכפר יפיע. המשלחת מירושלים לא עזבה את הגליל, ובהזמנת ראש העיר, נסעו חבריה לטבריה וניסו לשכנע את יריביו של יוסף למרוד בו. ליוסף נודע על כך והוא הציב בטבריה מרגלים שיודיעו לו את מה שמדובר בעיר. למחרת התאספו תושבי טבריה בבית הכנסת הגדול בעיר. יונתן, ראש המשלחת הירושלמית, חשש לדבר בגלוי נגד יוסף ואמר רק כי לטבריה "נחוץ מפקד מעולה". ראש העיר, לעומתו, פנה אל התושבים ואמר שמוטב להם להישמע לראשי המשלחת. דבריו קיבלו את תמיכתו של יוסטוס אך נותרו ללא הסכמת הנאספים והמשלחת דחתה את האספה למחרת. בבוקר הגיע יוסף לטבריה והאספה בבית הכנסת כבר בעיצומה. יונתן וחבריו האשימו אותו בכך שחי חיי מותרות ולא הקל את סבל המלחמה של העם והציגו ארבעה מכתבים שנכתבו אליהם מתושבים בגבולות הגליל, שמבקשים עזרה כנגד התקפה רומית שעתידה להתרחש כעבור יומיים. התושבים האמינו לתוכן המכתבים והחלו להפציר ביוסף שיצא לעזרתם. בתגובה לכך, הציע יוסף לחלק את הצבא ל-5 חלקים ולשים בראש כל אחד מהם את אחד מראשי המשלחת, מאחר שמהמכתבים משתמע כי הרומאים מתכוונים לתקוף בארבעה מקומות שונים. אחד מראשי המשלחת הציע להמון שלמחרת יכריזו יום תענית, יום שבו אסור גם לחגור נשק. יוסף נאלץ להסכים לכך וראשי המשלחת הודיעו ליוחנן להגיע בבוקר עם חייליו.

למחרת בבוקר, התכונן יוסף להתנפלות. הוא לבש שריון וחגר חרב תחת מעילו והורה לשניים משומרי ראשו לבוא איתו ולהסתיר חרבות קצרות תחת בגדיהם. כאשר הגיע לבית הכנסת, חיכה לו ראש העיר בשעריו והתיר רק לכמה מידידיו להיכנס איתו פנימה. בעוד הם מתכוננים לתפילה, החל ראש העיר להתעמת עם יוסף על ענייני כספי הציבור וראשי המשלחת הצטרפו אליו. העם החל להתקומם כנגד טענות חברי המשלחת ויוסף החליט לנצל זאת והודיע כי אם עשה שימוש שלא כדין בכספי ציבור, ישיב את הסכום מכספו הפרטי. דברים אלה שכנעו את הנוכחים כי חברי המשלחת שונאים את יוסף "שנאת חינם" והחלה מהומה. ראש העיר ניסה לפזר את האנשים לביתם אך הם סירבו לעזוב ואז הגיע שליח והודיע לראש העיר שיוחנן הגיע עם צבאו. לשמע הידיעה, ניצלו ראשי המשלחת את ההזדמנות והדגישו בפני תושבי טבריה כי לא מדובר בכספים: "לא בגללם בן מוות הוא יוסף, אפס בגלל שאיפתו לשלטון עריץ ועל תפסו את השלטון בהוליכו שולל בדבריו את המוני הגליל". בדברים אלה הרימו יד על יוסף כדי להורגו, אך אז שלפו חבריו של יוסף את חרבותיהם ואיימו על התוקפים שיכו בהם אם לא יעזבו אותו. האנשים סביב הרימו אבנים וחפצים כדי לרגום את יונתן ויוסף חולץ מהמקום. כדי לא להיתקל ביוחנן וחייליו, הלך דרך רחוב צר, ברח לכנרת, עלה על סירה והגיע למגדל. כעבור מספר ימים שבו שליחיו של יוסף מירושלים והביאו איתם מכתבים בהם אישרו נכבדי ירושלים את שלטונו בגליל ופקדו על המשלחת מירושלים לחזור. יוסף מיהר לשלוח את המכתב לראשי המשלחת, אולם אלה החליטו בעצת יוחנן ששניים מראשי המשלחת, יונתן וחנניה, יחזרו לירושלים ויאשימו שם את יוסף במעשים לא ישרים ובאיום עליהם.

אנשי טבריה החלו לבצר את החומות והורו לתושבים להצטייד בנשק. בדרכם מטבריה אל הכפר דברת, נעצרו יונתן וחבריו בחצות הלילה על ידי משמרותיו של יוסף. הם פורקו מנשקם והוחזקו כבולים באזיקים. כעבור יומיים שלח יוסף שליחים לאנשי טבריה בהצעה שיפרקו את נשקם, אך נענה בקללות. כדי להימנע ממלחמת אחים, לטענתו, החליט להשתמש בתחבולה כדי להוציא את חברי המשלחת מטבריה. הוא הורה לאלפים מחייליו להסתתר בכפרים מסביב ולהמתין במארב. יוסף עצמו חנה מול העיר ואנשי טבריה יצאו אליו בהמוניהם בקללות. מתוך צחוק, הם העמידו מיטת מת, התייצבו מסביב לה והספידו אותו. יוסף דרש ששני ראשי המשלחת שנותרו בטבריה, יועזר ושמעון, יצאו מהעיר והציע להם לחלוק איתם את השלטון בגליל. רק שמעון, הצעיר, התפתה לצאת. יוסף תפס אותו ופקד על חייליו להסתער על העיר. אנשי טבריה עמדו לנצח, עד שחייליו של יוסף שנשלחו דרך הים, העלו באש את הבית הראשון שתפסו, מה שגרם לאנשי טבריה לחשוב שעירם נכבשה והם נכנעו.

למחרת אסף יוסף את ראשי העיר באצטדיון, דרש מהם את שמות האשמים במרד, ואלה נלקחו כבולים ליודפת. את ארבעת ראשי המשלחת שלח בחזרה לירושלים. אנשי טבריה ביקשו מיוסף שיוחזר להם שלל שנלקח על ידי חייליו. הוא ציווה על אנשיו שאם יש בידיהם ביזה, יביאו אותה אל המגרש, אולם אף אחד לא נענה. כאשר ראה את אחד מחייליו לבוש בבגד יקר מן הרגיל, העניש אותו במלקות והזהיר את האחרים שייענשו באופן חמור יותר אם לא יביאו את מה שבזזו. אז הובאו חפצים רבים וכל אחד מהתושבים קיבל בחזרה את הדברים שזיהה כשלו. לאחר שלקח לידיו את השלטון בטבריה, חקר מי הם האנשים תומכי יוחנן והבטיח להם שאם ינטשו את יוחנן - יסלח להם, אך גם הציב להם אולטימטום: אם לא יפרקו את נשקם - ישרוף את בתיהם ויחרים את רכושם. אלפי אנשים, לטענתו, נענו לקריאה ופרקו את נשקם.

תושבי ציפורי שלחו שליחים אל נציב סוריה קסטיוס גאלוס, וביקשו שיבוא ויציב חיל משמר רומאי בעיר. יוסף שמע על כך ומיהר לכבוש אותה. לדבריו, תושבי הגליל שנאו את ציפורי וחייליו החליטו לפרוע בתושביה. הם שדדו ושרפו את הבתים הריקים, לאחר שיושביהם ברחו אל המצודה. יוסף טוען כי ניסה לעצור בעדם וטען כנגדם כי אין לעשות דבר כזה "לאחיהם בני עמם", אך הם התעלמו מדבריו. כדי להפסיק את הפרעות "ולהציל את העיר", ציווה להפיץ שמועה שהרומאים פלשו אליה מצדה השני ונהג בעצמו כאילו הוא מאמין לה. כששמעו זאת הפורעים, עזבו את השלל ונמלטו אחרי מפקדם.

יוסף נכשל בשכנוע תושבי ציפורי לחזור בהם מנטישתם את המרד והם שוב שלחו שליחים אל קסטיוס גאלוס, שהפעם נענה לבקשתם ושלח חיל פרשים ורגלים, שהוכנס בלילה אל תוך העיר. יוסף יצא עם חייליו והסתער על העיר, ולמרות ביצוריה שהוכנו במקור נגד הרומאים, הצליחו חייליו לכבוש חלק גדול ממנה, אך נאלצו לסגת בשל חוסר התמצאות בתוכה. הקרב עם הפרשים הרומיים עבר למישור שמחוץ לה ובסופו נחל צבא יוסף מפלה.

חיל פרשים ורגלים של אגריפס, תחת פיקודו של סולא, מפקד שומרי ראשו של המלך, חסם באזור יוליאס בקרבת נהר הירדן את הדרכים אל סלבקיה וגמלא שבגולן. יוסף יצא אליו ולאחר שהכין לו מארב, ניצח את צבאו של המלך, שחייליו ברחו מהמקום. סוסו של יוסף נפל באזור ביצתי והשליך אותו ארצה. הוא נפצע בכתפו ונלקח לכפר נחום. הוא נשאר שם במשך כל היום, קודח מחום, ובעצת רופאיו הובא למגדל.

כוחות הצבא ששלח אספסיאנוס לעזרת ציפורי בפיקודו של הטריבון פלקידוס פשטו על הגליל והביאו להימלטותם של הלוחמים היהודים אל ערי המבצר. לכן, החליט פלקידוס לנסות לכבוש את יודפת, אחד מ"משגבי הארץ" אותם ביצר יוסף מבעוד מועד, שהייתה לאחת הערים הבצורות ביותר בגליל. לאחר כישלונו של פלקידוס בכיבוש העיר, הגיע אספסיאנוס עם חילו אל הגליל. בהלת תושבי הגליל דבקה גם בלוחמים של יוסף, שחנה אז בעיר גריס, לא רחוק מציפורי. עוד לפני שראו את צבאו של אספסיאנוס בעיניהם, רוב חייליו של יוסף ברחו מהמקום. לטענתו, חשש מאוד לגורל המלחמה כולה ולכן החליט גם הוא לברוח עם החיילים שנשארו איתו, לטבריה.

הגעתו של יוסף לטבריה עוררה חרדה גדולה בקרב התושבים, שהבינו כי מפקד הגליל נואש מתקוותו לנצח במלחמה. הוא כתב מכתב לראשי הממשלה בירושלים, בו תיאר להם את המצב החמור, ודרש לקבל תשובה מהירה אם הם בוחרים להגיע להסכם עם הרומאים, או שאם הם מחליטים להמשיך את המלחמה ישלחו לו תגבורת צבאית רצינית.

אספסיאנוס היה להוט להחריב את יודפת, מכיוון שנודע לו שרוב המורדים נמלטו אליה ומתבצרים בה. כיבוש יודפת הבצורה היה יכול לגרום לרפיון ידיים אצל כל המורדים בגליל ואולי אף לדכא את המרד כולו. ביום כ"א באייר עזב יוסף את טבריה והגיע אל יודפת, כדי לפקד עליה בזמן המצור. בארבעת הימים הראשונים למצור, ירו הרומאים על העיר במטרה להשעין סולמות על החומה ולטפס בהם, ויוסף, שחשש שהעיר תיכבש, יצא עם "המון היהודים" בגיחות אל מחוץ לחומה להתקפות שהדפו את הרומאים ממנה שוב ושוב.

הרומאים החליטו לשפוך סוללת מצור מול החומה, וכשזו הגיעה כמעט עד לגובה השיניות שלה, החל יוסף במבצע להגבהתה וביצורה. ההגבהה עודדה את היהודים לחדש את הגיחות, שהביאו את אספסיאנוס להפסיק את הלחימה ולהמשיך במצור עד להתשתם או הרעבתם של מגני העיר. לנצורים היה מספיק מזון אך הם סבלו ממחסור במים, מכיוון שהמצור היה בקיץ ובתוך העיר לא היה מעיין. יוסף הנהיג חלוקת מים במשורה כבר מתחילת המצור, אבל הצמצום בחלוקת המים דיכא את רוחם של היהודים והרומאים ידעו זאת. משום כך פתח במלחמה פסיכולוגית. הוא ציווה על אנשיו לטבול את בגדיהם במים ולתלות אותם על מעקה החומה, כדי שהרומאים יראו מים נוזלים לאורכה ויתייאשו מתקוותם לכבוש את העיר בעזרת המחסור, ואכן יאוש זה גרם לאספסיאנוס לשוב ללחימה.

לאחר שהרומאים גילו שהיהודים שולחים מכתבים ומקבלים מזון דרך נקיק שהגישה אליו קשה מאוד, הם סגרו עליו, ויוסף הבין אז כי העיר לא תוכל להחזיק מעמד לאורך זמן ועליו להימלט ממנה. הוא תכנן לעזוב את העיר כדי לאסוף אנשים מכפרי הגליל ולהסיט את הרומאים מיודפת למלחמה חדשה, אך תושבי העיר הניאו אותו מהמעשה והוא החליט להישאר. מתוך ייאוש כללי, יצא עם לוחמיו, פרץ למחנה הרומאי ותקף את מקימי הסוללה. גיחות אלו נמשכו מדי יום במשך ימים רבים. כאשר התקרבה הסוללה לחומה, הביאו אליה את איל הברזל, שבמהלומותיו החוזרות באותה נקודה, עמד למוטט את החומה. יוסף ציווה אז למלא שקים במוץ ולשלשל אותם אל המקום בו נגח האיל, כדי להפחית מעוצמת הנגיחה. פעולה זו עכבה את הרומאים, אך אלה נקטו בתחבולה נגדית: הם קשרו מגלים לקצותיהם של מוטות ארוכים ובעזרתם חתכו את החבלים הנושאים את השקים.

"כמוצא אחרון", פנה יוסף לשימוש באש. לוחמיו פרצו החוצה ושרפו את המכונות של הרומאים. אולם אלה הקימו מחדש את איל הברזל והמשיכו בניגוח החומה עד שנפרצה לפנות בוקר. בזמן שאספסיאנוס התכונן להסתער על העיר בכ' בסיוון, הפקיד יוסף את החזקים שבלוחמיו על פרצות החומה ואילו את הזקנים והמותשים שלח לשמור על יתר חלקיה. בראש כל קבוצה שהופקדה על הפרצות, הציב 6 אנשים שעלו בגורל, והוא ביניהם. הוא הורה להם לאטום את אוזניהם כדי שלא ייבהלו מקול תרועת הלגיונות, לכרוע על הברכיים ולכסות עצמם במגניהם נגד החצים ואבני הקלע, לסגת מעט לאחור עד שיתרוקנו אשפות החצים ולהתכונן לרגע בו יטילו הרומאים את מתקני העלייה - אז צריכים הם להסתער על החיילים הרומאים בעודם על הגשרים שלהם.

בשיחת ההכנה שערך לפני ההתקפה של אספסיאנוס, כבר לא ראה יוסף סיכוי להמשך העמידה במצור וניסה לעורר מוטיבציה מתוך ייאוש: "היום הזה ילחם כל איש מכם לא למען הצל את עירו, רק למען קחת נקם על חורבנה, על־כן ישים לנגד עיניו את מראה הזקנים והטף הנשחטים בידי האויב ואת פני הנשים העתידות להרג במהרה ויאסוף את כל זעמו על הצרות הבאות וישפוך אותו על ראשי עושי הרעה". מראה הצבא המכתר את העיר הטיל אימה על הנשים והילדים. יוסף חשש שהצעקות והבכי ירפו את לב הלוחמים וציווה לסגור את הנשים בבתיהן ולהשתיקן באיומים. כשהחלה ההסתערות הרומאית, נהגו הלוחמים היהודים לפי ההוראות שקיבלו, אולם לאחר זמן מה נחלשו. החיילים הרומאים הצטופפו עתה תחת מגניהם כגוש אחד במבנה "צב", ויוסף פקד לשפוך עליהם שמן רותח, שהפיץ אותם מעל החומה והפיל אותם מהגשרים. ביום ה-47 למצור, התרוממה הסוללה הרומאית מעל לחומת העיר. באשמורת הלילה האחרונה, עלו החיילים הרומאים על החומה, שחטו את השומרים הישנים ונכנסו אל העיר. הם כבשו אותה ולאחר מכן הרגו את המסתתרים במחילות ובמערות. אספסיאנוס ציווה להרוס את העיר עד היסוד ולשרוף את מצודותיה. יודפת נפלה בא' בתמוז (20 ביולי 67).

עם נפילת העיר, ירד יוסף אל "בור עמוק המחובר אל מערה רחבת-ידיים", הנסתרת מעיני העומד למעלה, ובה מצא 40 מנכבדי העיר, שהסתתרו במקום עם מלאי מזון המספיק לימים רבים. במשך היום נשאר יוסף במערה, אך בלילה עלה ממנה וחיפש לו דרך מילוט, וכאשר נוכח לראות שהרומאים הציבו משמרות בכל מקום, נאלץ לשוב אל המערה. ביום השלישי להסתתרותם, אשה שנתפסה גילתה לרומאים את המקום ואספסיאנוס שלח למערה שני טריבונים צבאיים כדי לשכנע את יוסף להיכנע. לאחר שנכשלו במשימתם, מאחר שיוסף פחד כי "הרומאים יעשו בו שפטים", שלח אספסיאנוס טריבון שלישי - ניקנור - שהיה ידידו של יוסף. יוסף שמע את קולו של חברו על רקע קולותיהם הזועמים של אנשי הצבא שרצו לשלוח אש במערה אך הדבר נאסר עליהם, והחליט להיכנע. בתגובה לכך, הקיפו אותו האנשים במערה, הטיחו בו שהפך את עורו ואיימו עליו ברצח אם יבחר להסגיר את עצמו. הם טענו שעליהם למות בחרבם ולא להיכנע והציבו לו אולטימטום: עליו למות בכבוד או שימות מידיהם.

יוסף ניסה לשכנע אותם שאל להם לשלוח יד בנפשם, אולם האנשים כעסו עליו מאוד וקיללו אותו על פחדנותו. הם הקיפו אותו בחרבות שלופות ואיימו להכותו. אז פנה אליהם יוסף בהצעה: אם החליטו להתאבד, יטילו פור ביניהם הקובע את סדר הריגתם (שיטה שנודעה לאחר מכן כבעיית יוספוס), כאשר כל פעם מי שעולה בגורל יומת על ידי חברו הבא אחריו. בדרך זו לא יצטרך אף אחד להרוג את עצמו ולא יוכל להתחרט לאחר מות חברו. האנשים הסכימו להצעה ומעשה ההתאבדות יצא לפועל, ובסופו נשאר יוסף אחרון יחד עם אדם נוסף. מכיוון שלא רצה למות "וגם לא לטמא את ידו בדם אחים", שכנע את חברו שלא להתאבד ולמסור את עצמם לרומאים על מנת להציל את חייהם.

יוסף בן מתתיהו הובל על ידי ניקנור אל אספסיאנוס דרך ההמון הרומאי, שנדחק לראות מקרוב את המפקד היהודי. אספסיאנוס ציווה לשים עליו "משמר חזק" והחליט לשלוח אותו אל נירון קיסר. כאשר שמע זאת יוסף, ביקש שיודיעו לאספסיאנוס כי יש לו סוד לספר לו ביחידות. בנוכחות טיטוס ושניים מחבריו של המצביא, ניבא יוסף לאספסיאנוס נבואה, שנזכרה גם אצל ההיסטוריונים הרומאים סויטוניוס ודיו קסיוס:

"אחד השבויים מבני האצילים, יוספוס שמו, בשעה שנאסר בשלשלאות, טען בביטחון ובתקיפות-הדעת, כי עוד מעט ואספסיאנוס יתיר את כבליו, אלא שאותה שעה כבר יהיה קיסר."

ה"נבואה" המחמיאה הייתה עלולה להיחשב לבגידה בקיסר השליט באותו הזמן, אך כנראה הצילה את חייו, שכן הרומאים נהגו לצלוב את ראשי המורדים למען יראו וייראו. יוסף בן מתתיהו מספר כי אספסיאנוס לא שחרר אותו ממאסרו, "אך נתן לו בגדי־כבוד והעניק לו דברי־חפץ שונים בעין יפה והאיר לו את פניו מן היום ההוא והלאה". יוסף הוחזק כשבוי מלחמה וטוען כי אספסיאנוס וטיטוס שמו עליו משמר ואילצו אותו "לשבת בקרבם תמיד", כאשר בתחילה היה "אסור באזיקים". כאשר הגיע אספסיאנוס לקיסריה, דרש ההמון היווני שיוסף יוצא להורג, אולם אספסיאנוס התעלם.

בשנת 69 נעשה אספסיאנוס קיסר רומא ונבואתו של יוסף התגשמה. בעקבות זאת הורה אספסיאנוס לשחרר את יוסף מן המאסר ובפקודתו בותקה השלשלת שלו במכת גרזן. לאחר שחרורו נסע עם אספסיאנוס לאלכסנדריה. משם נשלח עם טיטוס בשנת 70 למצור על ירושלים והיה עד לדיכוי המרד.

במקביל לעבודת המצור (לאחר כיבוש שתי החומות הראשונות), ניסה טיטוס גם לדבר על לבם של הלוחמים היהודים, ולצורך כך גם שלח את יוסף לדבר אליהם "בשפת אבותיהם", בתקוה שאולי יקשיבו לדברי יהודי בן עמם. יוסף סבב את חומת העיר ובחר מקום ממנו יישמע קולו, אך גם כזה שבו לא יוכל לפגוע בו חץ, ופנה בנאום ארוך אל תושבי העיר - שבתוכם היו גם הוריו ואשתו - שיחוסו על נפשותיהם, על עיר אבותיהם ועל מקדשם, ויואילו להיכנע. בנאומו דיבר על כך שהרומאים יצליחו לכבוש את העיר ואין טעם להתנגד כי "כל העולם עובד להם", וכן גם על הרעב בעיר, שהוא כ"אויב מבית". בזמן "דברי התוכחות" שלו, רבים מהעומדים על החומה לעגו לו וקיללו אותו וכמה אף ירו לעברו חצים. כשראה שנכשל בניסיונו לשכנעם, עבר לדבר על כך שכל הניצחונות בהיסטוריה של עם ישראל לא נעשו "בחרב ובזרוע" אלא על ידי אלוהים, שעל פי כל הסימנים נמצא לצד הרומאים, ובין הדוגמאות שהביא הייתה גם זו של צדקיהו, שנלחם במלך בבל "ולא שמע לנבואות ירמיהו...ועיניו ראו בחרבן העיר וההיכל".

יוסף הצליח לעורר את התושבים לברוח אל הרומאים, אולם לא הצליח לשכנע את המורדים, ששמרו על מוצאי העיר והרגו את הבורחים. בין פעולות הענישה שנעשו נגד "אנשי המעלה בקרב העם" שהואשמו בנטייה לטובת הרומאים, הושיבו המורדים את הוריו של יוסף בבית כלא תחת שמירה. באותו הזמן המשיך יוסף להקיף את החומה ולדבר אל תושבי העיר. אבן שנזרקה לעברו פגעה בראשו והוא נפל ואיבד את הכרתו. יהודים מן העיר מיהרו להגיח החוצה כדי לסחוב אותו לתוכה, אולם טיטוס שלח אנשי צבא להגן עליו. אלה הרימו אותו מן הארץ, והמורדים שראו זאת "הריעו תרועת־ששון" כי חשבו שהצליחו להורגו. אולם כעבור תקופה קצרה יוסף התאושש והמשיך לדבר אל העם.

לאחר כיבוש מצודת אנטוניה, בי"ז בתמוז - שבת קרבן התמיד, שוב שלח טיטוס לקרוא ליוסף וציווה עליו לדבר אל יוחנן מגוש חלב ולקרוא לו לצאת עם לוחמיו מבית המקדש ולהילחם מחוצה לעיר, כדי להימנע מחילול המקדש והחרבת ירושלים כולה, ובתמורה לכך יתיר את חידוש עבודת הזבחים. יוסף בחר מקום שממנו ישמעו את קולו גם יתר היהודים המתבצרים וקרא את הדברים בעברית. הוא הוסיף לכך תחינות אל יוחנן, שיציל את ירושלים, אולם אלו נענו על ידו בקללות. יוסף פתח בתגובה בנאום תוכחה ובו הפציר ביוחנן לנהוג כמו יכניה מלך יהודה, שכאשר עלה עליו מלך בבל, מיהר לצאת אליו וללכת עם משפחתו לשבי, ובלבד שהעיר לא תיפול בידי האויב והוא יאלץ לראות את בית המקדש נשרף. יוסף הבטיח ליוחנן, שאם ייכנע יקבל חנינה מהרומאים. את דבריו סיים באומרו כי גורל העיר כפי הנראה כבר נגזר על ידי אלוהים, שהרי נביאי ישראל חזו "כי נפול תיפול העיר הזאת, כאשר יחל איש לשפוך בה את דם אחיו". גם לאחר שרפת המקדש וכיבוש העיר התחתונה, המשיך יוסף לבקש מהמורדים לרחם על העיר - הפעם על העיר העליונה, אליה נסוגו - ולגנות את מעשיהם, אולם דבריו זכו ל"לעג וקלס".

יוסף מספר כי ברשותו של טיטוס זכה לשחרר אסירים יהודים ובהם אחיו יחד עם 50 מחבריו, וכן 190 שבויים שהיו כלואים במקדש, ובהם נשים וילדים, שהיו חבריו או קרוביו. כמו כן, קיבל מטיטוס גם את ספרי הקודש ששרדו את החורבן. לאחר שהסתיים דיכוי המרד ביהודה, קיבל מטיטוס "כברת אדמה במישור" לנחלה, במקום שדותיו שבאזור ירושלים, שעליהם חנה משמר רומאי.

באביב שנת 71, נסע יוסף בן מתתיהו עם טיטוס לרומא, שם נתן לו אספסיאנוס להתגורר בבית שהתגורר בו בעצמו לפני שהפך לקיסר. הוא העניק לו את האזרחות הרומית ובנוסף לכך גם סכום כספי. על פי הנוהג המשפטי של רומא, זכה יוסף בן מתתיהו לשלושה שמות: הצמד הראשון היה טיטוס פלאביוס (על שם משפחת הקיסר, הפטרון החדש של יוסף) והשם השלישי היה פשוט "יוסף" (או "יוספוס" בתעתיק היווני-רומי).

בשנת 74, יונתן, אחד הסיקריים, נתפס בקירניה לאחר שניסה להמריד את העניים מקרב יהודיה. כאשר הובא לפני הנציב הרומי, קטולוס, העליל יונתן על עשירי היהודים כי הם הורו לו לעשות את המהומה. קטולוס ניפח את העלילה כדי ש"ייראה גם הוא כגיבור מנצח את היהודים במלחמה". הוא החל להוציא להורג יהודים עשירים והחרים את כספם לאוצר הקיסר. לאחר מכן פיתה את יונתן ואסירים אחרים להטיל את האשמה על "טובי היהודים" שישבו באלכסנדריה ורומא, ובהם גם יוסף בן מתתיהו, אותו האשים כי שלח לו נשק וכסף לצורך המרד. הוא הוביל את יונתן ואנשיו אזוקים לרומא, אך אספסיאנוס קבע כי מדובר בשקר וזיכה את "טובי היהודים".

יוסף מספר שזכה לחסדיהם של שלושת הקיסרים הפלביים. אספסיאנוס נתן לו במתנה "כברת ארץ גדולה ביהודה" ודומיטיאנוס, בנו, שירש את טיטוס, שחרר את האחוזה הזו ממסים.

ברומא כתב יוסף את יצירותיו, החל מחיבורו הראשון, "מלחמת היהודים", אותו פרסם בין השנים 75–79 לספירה. את חיבורו השני, "קדמוניות היהודים", הקדיש יוסף לאדם פרטי, אפאפודריטוס, שתמך ביוסף בזמן כתיבתו ויוסף הקדיש לו לאחר מכן גם את "חיי יוסף" ו"נגד אפיון". ייתכן והדבר מצביע על כך שיוסף לא יכול היה יותר להסתמך על תמיכתו של הקיסר והוא חדל להיות פטרונו לאחר כתיבת "מלחמת היהודים". יוספוס מעיד על עצמו כי השקיע מאמץ בקריאת הספרות היוונית, לאחר שהפך בקיא בשפה זו, אולם בדברו אותה נותר לו המבטא של שפת אמו.

במקורות הרבים יחסית שיש בידינו על התקופה בה שהה ברומא, הוא לא נזכר אפילו פעם אחת.

תולדות חייו דומות לאלו של ההיסטוריון היווני פוליביוס (המאה ה-2 לפנה"ס), שהשפעתו ניכרת בחיבורו הראשון של יוספוס: עירו התנגדה לרומאים, הוא עצמו נתפס והובא לרומא כבן ערובה, קשר שם קשרי ידידות עם מדינאים רומיים בכירים, השתכנע שהאימפריה הרומית בלתי מנוצחת, וכתב את תולדותיה, הכוללות גם את האירועים שהתרחשו בימיו ובארצו, במטרה להרתיע את נתיניה מלמרוד בה.

רעייתו הראשונה של יוסף בן מתתיהו נותרה בירושלים בזמן המלחמה. עוד במהלך המרד, לאחר שנישבה ביודפת, נישא יוסף "לפי פקודתו" של טיטוס ל"בתולה" יהודייה, שבויה מקיסריה (וזאת על אף שנישואים בין כוהן לשבויה נאסרו על ידי המשפט העברי ואפילו יוסף בעצמו מזכיר זאת). כאשר יצא לחופשי מן המאסר ונסע עם אספסיאנוס לאלכסנדריה, עזבה אותו אשה זו והוא לקח לו אשה אחרת באלכסנדריה (כאשר אשתו הראשונה כלואה בירושלים), ולהם נולדו שלושה ילדים, אך רק אחד מהם, ושמו הורקנוס (נולד בשנת 73/72), נשאר בחיים. בשנת 74 או 75 התגרש מבת אלכסנדריה ונישא ליהודיה מיוחסת בת כרתים, שילדה שני בנים, יוסטוס (נולד בשנת 76/75) וסימונידס אגריפס (נולד בשנת 78/77).

יוסף בן-מתתיהו נפטר זמן קצר לאחר שנת 100. זמן מותו המדויק אינו ידוע.

שאלת בגידתו של יוספוס

בשל החלטתו של יוסף בן מתתיהו במערה לצאת לשבי ולא להתאבד, כמו גם בשל העברת נאמנותו למצביאים הרומאים, רבים ראו בו בוגד בעמו. הוויכוח סביב דמותו ממשיך להתקיים עד עצם היום הזה. לשאלת בגידתו של יוספוס קיימות השלכות לא רק בראי התקופה - ימי המרד, אלא היא רבת משמעות גם לגבי המוסר האנושי כיום, אמינות כתביו (בהתחשב בעובדה שכתבי יוספוס הם המקור העיקרי כיום לידע על תקופת הבית השני והמרידות ברומאים), וצדקת המעבר לצד הרומאי בראייה של ימינו.

מרבית החוקרים של המאות הקודמות סברו שמעברו של יוספוס לצד הרומאי אכן היה בגידה. חלק מן החוקרים סוברים שיוספוס עשה יד אחת עם הרומאים עוד בביקורו הראשון ברומא וקיבל על הבגידה תשלום נכבד וכבוד אצל הרומאים. אחרים סוברים שבמהלך המרד השתנתה דעתו והוא חשק בצד הרומאי. אולם עם השנים השתנתה דעת החוקרים ורבים מן החוקרים החלו מצדיקים את מעשיו. חלק מהחוקרים (לדוגמה יעקב נפתלי שמחוני ודוד פלוסר) בוחנים את מעשהו של יוספוס בראי מעשיהם והשקפתם של בני התקופה. הללו בוחנים כיצד התנהגו מנהיגי המרד האחרים כמו יוחנן מגוש חלב או שמעון בר גיורא. האם היו נאמנים לאידאולוגיה שלהם שאמרה שיש למות בכבוד, מוות של גיבורים, או שגם הם השאירו את מלאכת המוות לסרדיוט הרומאי? גם ביחס לרבן יוחנן בן זכאי ומעברו לצד הרומאי קיימת שאלה במה שונה מעשה יוספוס ממעשה ריב"ז? האם רק משום שבתחילה תמך במרד שלאמתו של דבר מרבית העם תמכו בו?

בשאלת השפעת יוספוס על ההיסטוריה יש שרואים (לדוגמה יוסף קלוזנר) ביציאת יוספוס אל הרומאים צעד מוצדק וזאת בשל תרומתו הספרותית הגדולה הן באותה תקופה - בהצגת היהודים באור חיובי (אברהם שליט) ומניעת האנטישמיות, והן בימינו, שספריו של יוספוס מאפשרים לנו לחקור את תקופת הבית השני.

הרב אורי שרקי העלה סברה לגבי היחס הרבני למעשהו של יוספוס כמו גם לטענותיו על ייחוסו שהובא ברמז בתלמוד: ”אמר שמואל כל דאמר מדבית חשמונאי קאתינא עבדא הוא“. לפי הפשט התלמוד קבע ששושלת בית חשמונאי הוכרתה בימי הורדוס וכל מי שטוען שהוא מיוחס אליה אינו אלא עבד שלהם שמתחזה לאחד מהם. שרקי קובע שמדובר ברמז ליוספוס שטוען שהוא מיוחס לבית חשמונאי, אך האמת היא שהוא עבד (לרומאים).

בזמן היותו מפקד הגליל

יוסף מספר שהואשם בבגידה עוד בזמן היותו מפקד הגליל. לטענתו, יוחנן מגוש חלב הפיץ את השמועה שהוא מתכוון "למסור את הארץ בידי הרומאים", וזאת מכיוון שרצה להיות מפקד הגליל בעצמו. הוא מספר שהצעירים שברחו בלילה אל הכפרים באזור טבריה, לאחר שנזף בהם על החרמת הרכוש של אגריפס וברניקי, הודיעו לתושביהם שיוסף הוא בוגד ושבכוונתו "למסור את ארצם בידי הרומאים". הוא טוען כי "השמועה נפוצה בכל הגליל", ושמבין אלפי האנשים החמושים שהגיעו לפנות בוקר למגדל, "להנקם ביוסף", חלקם צעקו "לשרוף את הבוגד באש", כאשר ראש המסיתים היה ראש העיר טבריה, שלקח לידיו ספר תורה והכריז כי מדובר בבגידה בחוקיה. כאשר יצא יוסף אל ההמון, חלק מהמתגודדים "הוסיפו לקלל אותו ודרשו ממנו להוציא אליהם כרגע את כסף הציבור ולהודות על הברית אשר כרת בבגד".

ההיסטוריון מנחם שטיין, שתרגם את "חיי יוסף" לעברית, ראה גם בפעולות אחרות של יוסף בתקופה זו בגידה: אם יוסף אכן התכוון לשמור את התבואה שנאספה בגליל כמס לקיסר בשביל הרומאים, במקום להחרים אותה לטובת המרד; דבריו בסעודה עם ראשי טבריה על כך שהוא נמנע מלהודות בעליונותו של הצבא הרומי בפני המורדים הגליליים, וכן גם עצם העובדה שהוא, כמפקדם, מכנה אותם "שודדים וליסטים". שטיין סבר גם ש"ידידיו" של יוסף בשומרון, מהם ביקש להגן על שליחיו לירושלים, היו בוודאי רומיים או "אוהבי הרומיים", מאחר שיוסף עצמו מציין שהשומרון נשלט אז על ידי הרומאים.

יוסף מספר לאחר מכן בפירוש על אובדן אמונתו בהצלחת המרד. הוא מספר כי עם פלישת אספסיאנוס לגליל, "כל יושבי הגליל נבהלו מפניו" והוא נואש כליל "מתקוות הניצחון במלחמה". הוא טוען "כי כבר צפה את אחרית היהודים הרעה" והבין שהדרך היחידה בה יוכלו להציל עצמם מחורבן היא להפסיק את המרד. הוא מצהיר כי "נקל היה לו למות שבעתיים מבגוד בארץ אבותיו", כמו גם במשרת הפיקוד הצבאי שהופקדה בידיו, ומשום כך החליט "לכתוב אל ראשי הממשלה בירושלים ולהודיעם את הדברים לאשורם", מבלי להפריז במידת כוחם של הרומאים - שלא יצא עליו שם של פחדן, וגם מבלי להקטין את מידת הסכנה - כדי לא לגרום לראשי העם "להתחזק במרדם". אולם אספסיאנוס עלה אז על יודפת ויוסף מיהר אליה כדי לפקד עליה בזמן המצור.

ב"חיי יוסף" מספר יוסף בן מתתיהו כי נבחר על ידי אנשי 'מחנה השלום' בירושלים לתפקיד מפקד הגליל כדי 'להשקיט את הקנאים דורשי המרד'. על פי עדותו הוא ניסה להניא את הקנאים מתוכניתם: "בבארי להם עם מי הם אומרים להילחם וכי נופלים הם מהרומאים לא רק בטכסיסי צבא אלא גם במזל ובהצלחה". עניין זה מקבל חיזוק מכך שבמהלך כל ימי המצור על יודפת ניסה יוסף בן מתתיהו לשכנע את הלוחמים היהודיים להיכנע לרומאים, אך דווקא הם סירבו.

מ'חיי יוסף' עולה כי יוסף בן מתתיהו תמך בעיר ציפורי, שבה ישבו בעיקר מתייוונים אשר יחסם ליהדות היה רופף מאוד והם היו מתומכי הרומאים ומתנגדים גדולים למרד. הם כרתו ברית שלום עם הרומאים ויוסף בן מתתיהו עזר להם לבצר את העיר ולהגן עליה מפני הקנאים.

יציאתו אל הרומאים ביודפת

בדבריו על יציאתו אל הרומאים ביודפת, יוסף מספר שלצורך שכנועו לצאת מהמערה, נשלח אליו הטריבון הצבאי ניקנור, "אחד ממיודעי יוסף ואנשי שלומו מלפנים", שהדגיש בדבריו אל יוסף את היותם ידידים. יוסף קלוזנר הביע את התהייה: "מנין לו ליוסף 'ידיד' בחיל הרומי?", וגם השיב עליה: "ניקנור הכיר את היהודים עוד מקודם", כפי שמתברר בהמשך, בזמן המצור על ירושלים, כאשר נקנור התקרב עם יוסף אל החומה "וניסה לדבר שלום אל העומדים עליה למעלה, אשר היה מיודעם מכבר". ייתכן גם שניקנור שירת בצבאו של אגריפס או פיקד על יחידה של חיל העזר הרומי ביהודה, וכך התחילה ההיכרות בינו לבין יוסף.

יוסף מעניק ליציאתו אל הרומאים הילה מיסטית. הוא מספר כי לשמע קולות נקנור והרומאים מחוץ למערה, "נחה עליו רוח ממרום" והוא נזכר בחזיונות שראה בחלומותיו. הוא גם מספר שנשא תפילה קצרה: "בורא ישראל... בי בחרת לגלות את העתידות, על-כן אני תוקע את כפי לרומאים ברצון למען אחיה, ואתה עדי, כי לא בוגד אני בלכתי אליהם, רק עבדך, עושה רצונך". בראות האנשים שהיו איתו במערה, שהוא עומד לצאת אל הרומאים הקוראים אליו, הקיפו אותו וצעקו עליו: "מה מהרת להתכחש לנפשך! התזכור כמה אנשים פיתית לצאת אלי מוות בעד החרות?... אם תבחר במוות, תמות כראש צבאות היהודים, ואם תמאן, תמות מות בוגדים". יוסף משיב לדבריהם בנאום השולל התאבדות: "אין זה מעשה גבורה, רק מורך-לב מאין כמוהו...כי איש רך-לבב הוא הקברניט, אשר ירא את רוח הסערה והטביע את אניתו בים. הן בשלחנו יד בנפשנו נעבור על חוקי הטבע... הלא אין בקרב היצורים אף אחד מאבד את עצמו לדעת, כי חוק הטבע הנאמן גוזר על כולם לבחור בחיים".

יוסף קלוזנר מצביע על כך שהנאום המופנה כנגדו על ידי האנשים שהיו איתו במערה, הוא כתב-אשמה שיוסף בן מתתיהו חיבר נגד עצמו. קלוזנר מציין שלדעת ההיסטוריונים היהודים "הלאומיים" שקדמו לו - יוסף סלבדור, צבי גרץ וזאב י�