יצחק שמיר

לאחר שכיהן כיושב ראש הכנסת וכשר החוץ, נבחר שמיר לראש הממשלה השביעי (הממשלה ה-20) של מדינת ישראל עם התפטרותו של מנחם בגין מתפקיד זה באוקטובר 1983. שמיר כיהן כראש הממשלה לסירוגין במשך למעלה משש שנים. ביחד עם יריבו הפוליטי, שמעון פרס, עמד שמיר בראש ממשלת האחדות הלאומית שהוקמה ב־1984, ובה החזיקו השניים לסירוגין במשרות ראש הממשלה ושר החוץ (הממשלה ה-21 בראשות פרס והממשלה ה-22 בראשות שמיר). בשנים 1987–1988 כיהן גם כשר הפנים. ב-1988 ניצחה מפלגתו בבחירות, ושמיר עמד תחילה בראש ממשלת אחדות לאומית נוספת (הממשלה ה-23), ולאחר "התרגיל המסריח", בשנת 1990, עמד בראש ממשלה צרה (הממשלה ה-24). שמיר פרש מראשות מפלגת הליכוד, לאחר שזו הפסידה בבחירות לכנסת השלוש עשרה בשנת 1992. עד ניצחונו של בנימין נתניהו בבחירות הפנימיות של הליכוד בשנת 1993, כיהן שמיר כראש האופוזיציה. שמיר פרש מהכנסת בתום הכנסת השלוש עשרה בשנת 1996.

שמיר היה איש הקו המדיני הנוקשה וחסיד ארץ ישראל השלמה, ולמרות זאת השתתף בתקופת כהונתו בוועידת מדריד, שהיו שראו בה סכנה לשמירת ארץ ישראל השלמה. כראש ממשלה התמודד שמיר עם נפילת טילים על ערי ישראל במהלך מלחמת המפרץ, והבליג על כך כדי שלא לסכן את שלמות קואליציית 34 המדינות בראשות ארצות הברית ובשיתוף מדינות ערב שלחמה בסדאם חוסיין.

בשנת תשס"א (2001) הוענק לשמיר פרס ישראל על מפעל חיים, על תרומה מיוחדת לחברה ולמדינה.

יצחק שמיר נולד כיצחק יֶזֶרניצקי ב-1915 לפנינה פֶֹרלה לבית שבזין ולשלמה יזרניצקי. הוא נולד בעיירה רוז'ינוי שבעת לידתו הייתה בפלך גרודנה של האימפריה הרוסית, בתחום המושב היהודי; ועברה כעבור זמן קצר לתחומי פולין הצעירה; (במאה ה-21, רוז'אני בבלארוס). אביו היה ראש הקהילה היהודית בעיירה, שהייתה אז בעלת רוב יהודי (כשני שלישים מאוכלוסייתה). ליצחק היו שתי אחיות גדולות ממנו, מרים ורבקה. הוריו עסקו רבות בחיי העולם היהודי במזרח אירופה ואף היו מעורבים לתקופה קצרה בשירות מפלגת הבונד - מפלגה סוציאליסטית חילונית ואנטי-ציונית. בהמשך המירו את עמדותיהם בתמיכה נרחבת במפעל הציוני ושלמה יזרניצקי מצא חשיבות רבה בקיומן של מסגרות החינוך העברי, וידא כי בית הספר העברי ברוז'ינוי יתפקד והקפיד לרשום את ילדיו ללימודים. שלמה יזרניצקי התנגד, מטעם הציונות והקהילה היהודית, למשטרו האוטוקרטי של ניקולאי השני, קיסר רוסיה.

כשהיה יצחק בן שלוש התהפוכות המדיניות שנגרמו בעקבות מלחמת העולם הראשונה ומלחמת האזרחים ברוסיה הובילו לכך שרוז'ינוי נבלעה בתוך הרפובליקה הפולנית השנייה אשר זה עתה נוסדה. ב-1919, במסגרת המלחמה הפולנית-סובייטית, פרעו חיילים פולנים ביהודי העיירה, רצחו שישה יהודים ושדדו רכוש רב. יצחק יזרניצקי נולד וגדל בחברה עברית בעלת זיקה ציונית גדולה ובמסגרת חינוכו עוד מגיל צעיר תולדותיה של פולין נדחקו ונשאו משמעות צדדית בלבד בהערכה החינוכית. הוריו לא היו אנשים אמידים, וההוצאות על רישום בנם למוסד החינוכי הפרטי היו גבוהות ביחס למוסדות חינוכיים אחרים. בבגרותו שמיר הגדיר שתי תכונות בהוריו שהיו בולטות מאוד: סבלנות ו"העדר מוחלט של משוא-פנים." בחודשי הקיץ נהג יצחק לבלות בחלקת סבו וסבתו ודודיו שחיו בכפרים מבודדים כדוגמת רוז'ינוי במזרח הרפובליקה הפולנית.

בילדותו עברה המשפחה לעיר הסמוכה, וולקוביסק. לאחר סיום בית הספר היסודי בוולקוביסק, עבר יזרניצקי לגימנסיה העברית בביאליסטוק, ובה סיים את חוק לימודיו. באותה העת קרא שמיר בעיקר ספרות עברית ויידיש, אך החל להזדהות גם עם התנועה הלאומית הפולנית ואף שינן קטעים מהפואמה "קונראד ואלנדור" פרי עטו של הסופר הלאומי הפולני אדם מיצקביץ'. בשנת 1934 החל בלימודי משפטים באוניברסיטת ורשה, לצד פעילות נלהבת בארגון בית"ר. הוא לא סיים את לימודי המשפטים משום שעלה לארץ ישראל ב־1935. לאחר עלייתו למד תחילה בפקולטה למדעי הרוח באוניברסיטה העברית בירושלים, אך בשנת 1937 הצטרף לארגון האצ"ל והפסיק את לימודיו. לפרנסתו עבד כפועל בניין וכפקיד במשרד רואי חשבון.

משפחתו נותרה בפולין, והוריו, שתי אחיותיו (רבקה פיטקובסקי ומרים סקלרביץ') ומשפחותיהן נספו בשואה. אביו, שהופרד משאר המשפחה, פנה לשכניו הפולנים בבקשה לעזרה, ואלו רצחו אותו. שמיר טיפח בהמשך חייו, בעקבות אירועי השואה, שנאה מתמדת כלפי העם הפולני על בגידתם בשכניהם היהודים בכלל ובמשפחתו בפרט.

בשנת 1940, כאשר התפלג לח"י מן האצ"ל, התלבט שמיר במשך תקופה ארוכה לגבי המשך דרכו וקיים שיחות בירור עם דוד רזיאל ואברהם שטרן "יאיר" כפי שנודע בכינויו בשורות המחתרת. בספטמבר 1940 הודיע לפקודיו שהוא נשאר באצ"ל מכיוון שדרכו של יאיר מסוכנת מדי. אולם בינואר 1941, לאור שיתוף הפעולה ההדוק מדי לטעמו, של האצ"ל עם הבריטים, הוא פרש ועבר ללח"י, בו אימץ את הכינוי המחתרתי "מיכאל" על שם מייקל קולינס, שהוביל מאבק לאומי נגד השלטון הבריטי באירלנד. גם את שם המשפחה "שמיר" אימץ לאחר שהשתמש בשם זה במשך תקופה מסוימת שבה התנהל אחריו מצוד של הבולשת הבריטית; הוא גידל זקן ופיאות, לבש קפוטה, חבש כובע סמט, וכינה את עצמו "הרב שמיר". בדצמבר 1941 נאסר שמיר ונכלא במחנה המעצר מזרעה. כוחות המנדט עצרו את חבר הלח"י יהושע זטלר בביתו וארבו לכל חברי הארגון שעמדו לבוא לבקרו באותו היום, ביניהם גם שמיר. הוא נחקר בידי הקצין ווילקין, מנהל המחלקה היהודית בבולשת הבריטית, אשר השתתף לאחר מכן בחיסולו של יאיר והוצא להורג על ידי לח"י ב-1944.

בספטמבר 1942 נמלט שמיר מהכלא בלוויית חבר לח"י אליהו גלעדי. דרך משתף פעולה בקריית מוצקין הם הגיעו לביתו של ירחמיאל אהרונסון ("אלישע") בחיפה, שסידר להם מקום לינה, דאג להחלפת בגדיהם למדי נוטר (לגלעדי) וקצין פולני (לשמיר) ולהעברתם למרכז הארץ (באותה העת היו מוצבות בארץ יחידות של צבא פולין החופשית בראשות הגנרל ולדיסלב אנדרס במסגרת המערכה בסוריה ובלבנון במלחמת העולם השנייה, כך שנשיאת מדי קצין פולני לא העלו חשד מצד הרשויות).

מחוץ לכלא הצטרפו השניים לקבוצת הנהגה קולקטיבית של לח"י, שהחליפה את אברהם שטרן (יאיר), שנרצח בידי הבריטים. בהנהגה זו התבלט גלעדי בקו קיצוני. גלעדי הוצא להורג בידי חבריו ללח"י בפקודתו של שמיר במועד לא ידוע בשנת 1943, על רקע חילוקי הדעות בינו לבין שאר הנהגת הארגון. מצבו של הארגון היה רעוע לנוכח קושי בהשגת תחמושת ומשבר הנהגה שנוצר בעקבות ההתנקשות בחיי יאיר. בעקבות כך הוקם סניף של הארגון בקרב יהודי מצרים ושליחים בממלכת מצרים למען העברת נשק ואספקה ובנוסף גם החלה להתגבש הנהגה חדשה שבסופו של דבר החליפה את המערכת הקולקטיבית. בשביל לפתור קשיים כלכליים נערכו סדרת פריצות של אנשי לח"י לתוך כספות של בנקים. לקראת בריחת 20 עצורי הלח"י ממחנה המעצר בלטרון, היה צורך להכין את העורף של הארגון לקראת קבלת הבורחים.

ב-15 בספטמבר 1943 הצליח אחד מהקבוצה, עמנואל הנגבי, לברוח מבית החולים הממשלתי בירושלים שם אושפז לאחר שהתחזה לחולה. הוא ושמיר קידמו את ההכנות לקליטת הבורחים. זמן הבריחה נקבע ל-31 באוקטובר 1943. הלח"י קידמה עלייה בלתי חוקית לארץ ובין העולים היו רבים שהצטרפו לשורות הארגון. בשנת 1944 נישא שמיר לשרה (שריקה) לוי (לימים שולמית), שאותה פגש בעת מאסרו במחנה המעצר מזרעה. שולמית עלתה לארץ מבולגריה בשנת 1941 ונכלאה בשל היותה עולה בלתי-לגאלית. לאחר שחרורה הצטרפה למחתרת והייתה לקשרית של שמיר. טקס הנישואים שלהם נערך בסודיות ובצמצום.

לאחר מות גלעדי ובריחת 20 עצורי לח"י ממחנה המעצר בלטרון, התגבש טריומווירט בהנהגת לח"י. חברי הטריומווירט היו שמיר, ישראל אלדד ("סמבטיון") ונתן ילין-מור ("גֵּרָא"), כאשר שמיר היה אחראי על הפעילות המבצעית, ולאחר מעצרו נטל ילין-מור את האחריות על המבצעים. בתוך הטריומווירט שמיר וילין-מור הנהיגו קו פעילות ואידאולוגיה יותר פרגמטי מאלדד, שקרא לתחייתה של ממלכת ישראל המאוחדת מימי דוד ושלמה. לקראת סוף 1944 נפצע אלדד בגבו ונתפס בידי הבריטים אשר שלחו אותו לבית הסוהר המרכזי בירושלים.

כחבר הנהגת לח"י, היה שמיר אחראי לפעולות שונות שהבולטות בהן היו ניסיון ההתנקשות בחיי הנציב העליון הרולד מקמייקל ורצח הלורד מוין במצרים, שתיהן בשנת 1944. מעבר לאנשי הלח"י רבים ביישוב ראו בלורד מוין אויב מר לחזון הציוני. כאשר יואל ברנד קידם הצעה של אדולף אייכמן לעסקת סחורה תמורת דם עם בעלות הברית שנועדה לכלול העלאה של מיליון יהודים ארצה, הלורד מוין פעל ישירות לקטיעת השיחות ותגובתו הראשונית לדיונים הייתה "מה אעשה במיליון יהודים?" ההתנקשות בלורד מוין הייתה לקש ששבר את גב הגמל ביחסי ההגנה עם האצ"ל והלח"י, מחתרות "הפורשים." בעקבות ההתנקשות החלה ההגנה בסֶזוֹן, מאבק מזוין ש"פורשים" שמטרתו להביאם לחדול מהמאבק הישיר ברשויות המנדט הבריטי.

הסזון נמשך עד לקראת כניעת גרמניה הנאצית, ואחריו החלה מגמת שינוי בעמדת ההגנה ביחס לרשויות המנדט, שינוי אותו שמיר כינה "התפכחות." עם הסקת המסקנות כי על אף השואה והמלחמה בריטניה עדיין תמשיך במדיניות הספר הלבן השלישי המקדמת את הקמתה של מדינת לאום ערבית בארץ ישראל, פנתה ההגנה גם היא לדרכי המאבק המזוין. פניית פרסה זאת של ההגנה הובילה להקמת תנועת המרי העברי, ארגון שיתוף פעולה מחתרתי בין ההגנה, האצ"ל והלח"י. בהקמת מחתרת אחידה היישוב היהודי בארץ הציג תדמית מאוחדת בפני הקהילה הבינלאומית. שמיר תמך בהקמתה של תנועת המרי בעבור המאבק בבריטים. בנוסף הנהיג את הלח"י לנוכח שינוי מדיניות הארגון ואופן התנהלותו עם הסרת חלק נכבד מהחשאיות שאפפה אותו ושינוי סדרי תפעול מבצעים בשיתוף הפעולה עם שתי המחתרות האחרות.

ב־29 ביולי 1946 נתפס שמיר בביתו וזוהה בידי הרשויות הבריטיות, על אף התחזותו לרב מבני ברק, ונשלח למחנה מעצר באריתריאה. ביחד עם גולי אצ"ל ולח"י נוספים שגורשו הועבר למחנה מעצר באסמרה ובהמשך למחנה בסימבל. בין הגולים המגורשים היו גם שמואל תמיר, לימים שר המשפטים, ומאיר שמגר, לימים נשיא בית המשפט העליון. הקשר של שמיר עם משפחתו כמעט ונותק לחלוטין, וכל שנשאר היו החלפות מכתבים בינו לבין שולמית, שנתפסה גם היא בידי הבריטים ונשלחה למאסר. שני ילדיהם הופרדו מהם. עם השנים תוכננו מספר רב של מבצעי בריחה ממחנות מעצר ברחבי קרן אפריקה. האחראי על שימור האחדות בקרב הגולים בתוכניות הבריחה היה יעקב מרידור, ממנהיגי האצ"ל.

דרך מנהרה שחפרו עברו שמיר, מרידור ושלושה גולים נוספים בשעת דמדומים ב-14 בינואר 1947 מתחת למחנה והגיעו ברגל לאסמרה. הגולים שברחו נעו בזוגות לעבר אדיס אבבה, בירת האימפריה האתיופית, כאשר הראשון שבהם שעשה דרכו אליה, אריה בן-אליעזר, ארגן עבור כל שאר החברים מקום לינה ומצרכים לשהייה. ההימלטות של שמיר ופמלייתו ממחנה המעצר הייתה השביעית במספר ההימלטויות. לאחר מסע בן שלושה ימים מאסמרה לאדיס אבבה דרך תיגראי ואמהרה, הגיעו אל בירת אתיופיה איפה שבן-אליעזר הספיק להשכיר דיר המתאימה למשפחה בת חמש נפשות. בהמשך עשו דרכם דרך מסילת הרכבת אדיס אבבה-ג'יבוטי עד להגיעם לעיר הנמל ג'יבוטי, לחופי מפרץ עדן ומדרום לבאב אל-מנדב. מהיותה של העיר חלק ממושבה קולוניאלית צרפתית, בעת שהותם בה למד שמיר את השפה הצרפתית על בוריה.

בעת השהייה בג'יבוטי הפך שמיר לפרנקופיל והתיידד עם גולה וייטנאמי שגורש בעקבות מעורבותו במחתרת אנטי-צרפתית במולדתו, דונג בק מאי, יועץ קרוב של הו צ'י מין ואחד ממנהיגי הוייט מין. דרך ג'יבוטי עקבו הגולים אחר הנעשה בארץ ישראל. בעקבות פיצוץ מלון המלך דוד פורקה תנועת המרי המאוחדת ולאחר הצבעה על תוכנית החלוקה באו"ם פרצה מלחמת העצמאות. במסגרת המלחמה הופנו חיצי האשמות רבים מצד הסוכנות היהודית והקהילה הבינלאומית על האצ"ל והלח"י בעקבות פרשת דיר יאסין באפריל 1948.

בהמשך החודש הסדירו הגולים את תמיכתה של ממשלת צרפת בהם ועשו דרכם על נושאת מטוסים ששטה מסייגון לטולון דרך ים סוף וחנתה זמנית בג'יבוטי. בידיעה על העברת אספקת נשק חם מצ'כוסלובקיה לישראל, טס שמיר לפראג וממנה ישירות לחיפה. ב־20 במאי 1948, מספר ימים לאחר הקמת מדינת ישראל, חזר לארץ. שמו נקשר ברצח המתווך מטעם מועצת הביטחון של האו"ם, הרוזן השוודי פולקה ברנדוט, ב־17 בספטמבר 1948. היו שסברו ששמיר עמד מאחורי הרצח, אך אף על פי שהוצא נגדו צו מעצר הוא לא נעצר ולא הואשם בבית המשפט, בניגוד לחברי לח"י רבים אחרים שנעצרו. במענה לשאלה האם היה מעורב ברצח ברנדוט הסתפק בציון עובדות אלו, תוך ציון שמי שהחליט על ביצוע הפעולה עשה את המעשה הנכון ושהוא "לא התנגד" לפעולה.

עבודה במגזר הפרטי ושירות במוסד

לאחר הקמת המדינה הצטרף למפלגת הלוחמים, שכללה רבים מחברי לח"י, ושימש כמזכיר סניף תל אביב של המפלגה. במקביל עבד בעבודות שונות, בהן ניהול משרד של חברה כלכלית בתל אביב ורשת של בתי קולנוע באזור רמת גן. בשנים 1952–1953 ייסד עם חברים מהלח"י, בהם נתן ילין-מור ושלמה בן שלמה, חברה קבלנית לסלילת כבישים. בשנת 1955 גויס על ידי איסר הראל למוסד למודיעין ולתפקידים מיוחדים, והגיע לדרגה בכירה בו. בשנים אלו שלטה מפא"י במדינת ישראל, והמינוי למשרות ממלכתיות בכירות לפעמים נחסם בפני מי שנחשב לבעל דעות פוליטיות שונות משלה, כגון יוצאי לח"י, אך משרות בכירות בשירות הביטחון הכללי וב"מוסד", שהיו תחת פיקודו של הראל, יצאו מכלל זה. שמיר שירת בתפקידים מבצעיים בארגון, ובין היתר הקים את יחידת "מפרץ" (שהפכה בהמשך ליחידת קיסריה), יחידת המבצעים המיוחדים של המוסד, ופיקד עליה. בין פעולותיו מעקב ופגיעה במדענים הגרמנים שעסקו בפיתוח מערכות נשק חדישות במצרים. בשנת 1965 פרש מ"המוסד", וניהל למשך מספר שנים את מפעל מגם לגומי בכפר סבא. שמיר ביקש לפעול להעלאת יהודי ברית המועצות, צעד לו ייחס חשיבות רבה, כאמצעי לפתרון הבעיה הדמוגרפית של ישראל. הוא החל להוציא עיתון מחתרתי ברוסית בשם "הביתה", שהוברח לברית המועצות וחולק ליהודים המקומיים.

כניסה לפוליטיקה

במרץ 1970 הצטרף לתנועת החרות, לאחר שהוצע לו לכהן כראש מחלקת הארגון של התנועה. בכניסתו לתפקיד השקיע בלימוד המערכת הפוליטית וקריאת ספרים רבים על המערכות הפרלמנטריות ברחבי העולם. הוא השקיע מאמץ רב בפיתוח הסניפים המקומיים של תנועת החרות והוביל לחיבור בין מרכז תנועת החרות והסניפים. כמו כן, הוא פעל להרחבת שורות המרכז, תוך קידום פעילים מקומיים שהצליחו בסניפים ובבחירות לרשויות המקומיות, בהם פעילים רבים בני עדות המזרח, אל המרכז שפעל במישור הארצי. בבחירות לכנסת השמינית, בסוף שנת 1973, נבחר שמיר לכנסת מטעם תנועת החרות במסגרת רשימת הליכוד בה הוצב במקום ה-27. בכנסת השמינית היה שמיר חבר בוועדת החוץ והביטחון ובוועדה לביקורת המדינה. בשנת 1975 נבחר ליושב ראש הנהלת תנועת החרות, תפקיד שבו החזיק שנים רבות.

באוקטובר 1976, לאחר שטען ראש אמ"ן האלוף שלמה גזית בתוכנית דוקומנטרית אמריקאית כי לטענתו לא ניתן יהיה לפתור את בעיית הטרור באופן צבאי, דרש שמיר את פיטוריו של גזית במכתב לשר הביטחון שמעון פרס. בתוך המכתב כתב שמיר "משמעות תשובתו היא, כי ראש אגף מודיעין בצה"ל, הממלא תפקיד מרכזי במלחמה נגד הטרור הערבי־פלסטיני, אינו מאמין, שיש בכוחה של ישראל לגבור על ארגוני הרצח."

במרץ 1977 הוביל את תנועת החרות להיות הראשונה לאמץ שיטה של בחירת הנציגים לרשימה לכנסת על ידי חברי המרכז במקום על ידי ועדה מסדרת. במסגרת זאת נבחר למקום השישי ברשימה והשלישי בתנועת החירות לאחר בגין ועזר ויצמן. את הרפורמה הזו עשה בניגוד לדעתו של מנהיג התנועה מנחם בגין, תוך ניצול היעדרותו של בגין עקב התקף לב שעבר. בגין גמל לו באי מינויו לתפקיד שר בממשלתו ובדחיקתו לתפקיד יושב ראש הכנסת.

לאחר המהפך, ב־1977, נבחר ליושב ראש הכנסת, והיה הראשון מטעם סיעת הליכוד ששימש בתפקיד זה. עד לאותו הזמן שימשו בתפקיד זה פוליטיקאים שסיימו את דרכם, כאשר התפקיד היה התחנה האחרונה והמכובדת בקריירה פוליטית. נראה היה כי זו גם תחנתו האחרונה של שמיר, שהיה בן 62 בעת שנבחר לתפקיד. שמיר שימש יושב ראש הכנסת בכמה מהישיבות החשובות והסוערות בתולדותיה, כגון נאומו של נשיא מצרים, אנואר סאדאת, בפני הכנסת במהלך ביקורו בישראל בנובמבר 1977, וההצבעה על הסכמי קמפ דייוויד בספטמבר 1978. במסגרת תפקידו זה פעל בתקיפות ובממלכתיות. שמיר היה מנאמני ארץ ישראל השלמה, ולא ראה בעין יפה את הסכם השלום עם מצרים, שכלל נסיגה מחצי האי סיני. בשל כך נמנע בהצבעה על הסכמי קמפ דייוויד. שמיר נמנע אף בהצבעה לאישורו של הסכם השלום עצמו, שנערכה במרץ 1979.

באוקטובר 1979 התפטר משה דיין, שר החוץ. התפקיד הוצע בתחילה לסגן ראש הממשלה יגאל ידין, שסירב לקבלו. במשך חמישה חודשים שימש מנחם בגין גם שר החוץ, ולאחר מכן הוצע התפקיד לשמיר. ב־10 במרץ 1980 התמנה שמיר לשר החוץ במקביל לסיום תפקידו כיושב ראש הכנסת, תפקיד אליו התמנה יצחק ברמן. הוא המשיך בתפקידו גם לאחר הבחירות לכנסת העשירית ב־1981 שבהן שוב ניצח הליכוד (בו הוצב במקום השביעי) ומנחם בגין הקים את ממשלתו השנייה. עם מינויו לתפקיד שר החוץ הופצו כותרות בעיתונים מרחבי העולם שבהן סופר על "עברו הטרוריסטי" של שר החוץ החדש.

בעת כהונתו כשר חוץ עמדה ישראל בהתחייבויותיה הטריטוריאליות על פי הסכם השלום עם מצרים, לרבות הנסיגה מסיני ופינוי יישובים, מהלכים מהם הסתייג כשהוחלט עליהם כשכיהן כיושב ראש הכנסת. "שיחות האוטונומיה", שהתקיימו בימיו של משה דיין כשר חוץ נזנחו, וניסיונות לתיווך כ"תוכנית פהד" משנת 1981, שבה הציע פהד, נסיך הכתר של ערב הסעודית, הכרה בישראל ומשא ומתן בין ישראל לבין אש"ף כשלו. בצפון החלה הסלמה ביטחונית, ששיאה היה מלחמת לבנון הראשונה שפרצה ביוני 1982, אך לשמיר לא הייתה השפעה משמעותית על הלחימה בצפון. שמיר צידד במהלך שקידמה הממשלה לתקיפת הכור הגרעיני בעיראק ("מבצע אופרה") ביוני 1981.

ב־15 בספטמבר 1982 השתתף שמיר בישיבת הממשלה שאישרה את כניסת הפלאנגות הנוצריות למחנות הפליטים הפלסטינים בביירות, לאחר רציחתו של נשיא לבנון ומנהיג הפלנגות בשיר ג'ומייל. עם כניסתם למחנות חוללו הפלנגות את טבח סברה ושתילה. שמיר נקרא להעיד בפני ועדת כהן, שחקרה את הטבח, ונמנה עם האישים שהוזהרו על ידי הוועדה בנובמבר 1982 כי הם עלולים להיפגע מדו"ח הוועדה (בנוסף לשמיר הוזהרו גם מנחם בגין, אריאל שרון ורפאל איתן). הוועדה מצאה כי שמיר ידע על הטבח משלב מוקדם, אך לא פעל על מנת לאמת את המידע או ליידע גורמים אחרים. בסופו של דבר ננזף שמיר, אך לא נמצא כי יש לנקוט כנגדו בצעדים אישיים. שמיר המשיך לכהן כשר החוץ.

כמו כן, כשר חוץ, חיזק שמיר את היחסים עם מדינות אפריקה והגוש הקומוניסטי.

ב־28 באוגוסט 1983, במהלך ישיבת ממשלה, הודיע לפתע מנחם בגין כי אינו יכול עוד להמשיך בתפקידו כראש הממשלה. שני המועמדים העיקריים לתפקיד זה היו שמיר ודוד לוי. לוי הכריז לעבר בגין "יש לך יורש", והתכוון לעצמו. שמיר ניסה לנהל משא ומתן עם לוי והציע לו תפקיד של סגן ראש הממשלה עם סמכויות מורחבות, אך לוי העדיף את ההתמודדות על תפקיד ראש המפלגה וראש הממשלה במרכז הליכוד. שמיר זכה בהתמודדות במרכז המפלגה ב-59% מן הקולות, והנשיא חיים הרצוג הטיל עליו את הרכבת הממשלה החדשה. ב-10 באוקטובר 1983 היה שמיר לראש הממשלה השביעי של מדינת ישראל. שמיר השאיר בידיו את תיק החוץ, שבו החזיק בממשלת בגין.

שמיר קיבל לידיו מדינה הנתונה במשבר עמוק – ביטחוני, כלכלי וחברתי. המיתון העמוק היה תוצאה של משבר עולמי ושל המדיניות הכלכלית השגויה של שר האוצר יורם ארידור. צה"ל היה עדיין עמוק בתוך לבנון (אם כי בתחילת ספטמבר 1983 נסוג מהרי השוף). החברה הייתה מקוטבת על רקע מלחמה זו בין ימין ושמאל, קיטוב שבא לידי ביטוי שיא ברצח אמיל גרינצוויג, איש "שלום עכשיו".

פעולתו הראשונה של שמיר כראש ממשלה הייתה פיחות עמוק בערך השקל בשיעור של כ-23%, וזאת לאחר ישיבת ממשלה דרמטית שנמשכה שעות רבות. הפיחות החד בערך השקל ומערכת שיווק אגרסיבית של הבנקים הביאו לכך שהבנקים לא יכלו להמשיך לווסת את שערי מניותיהם. החשש כי המניות – וביחד עמן המערכת הכלכלית בישראל – ייפלו, וחסכונותיו של הציבור יאבדו, הביא את הממשלה להודיע כי תשלם לציבור מחיר מינימלי עבור המניות שברשותו. המסחר בבורסה הופסק לתקופה של אחד עשר ימים. כאשר מניות הבנקים, שהיו אחד ממוקדי ההשקעה העיקריים של הציבור, איבדו את המשיכה שלהן, פנה הציבור אל הדולר. ב־13 באוקטובר 1983 נחשפה תוכניתו של שר האוצר יורם ארידור להפוך את הדולר להילך חוקי בישראל. חשיפת התוכנית בטרם זמנה הביאה להתפטרות ארידור, ולהצבת יגאל כהן אורגד במקומו. כאשר נפתח מחדש המסחר בבורסה החלו ירידות שערים קיצוניות, שאילצו את הממשלה לרכוש את מניות הבנקים מן הציבור במחיר שאותו התחייבה לשלם. לשם כך היה צורך בהדפסת כספים נרחבת, והאינפלציה יצאה משליטה. מדד חודש אוקטובר 1983 עלה ב-21.1%.

בלבנון המשיך צה"ל להסתבך. ב־4 בנובמבר 1983 אירע "אסון צור השני", שבו פוצץ מחבל מתאבד את בניין הממשל בצור; באירוע נהרגו 60 איש, מתוכם 28 חיילי צה"ל ושוטרי משמר הגבול. באירוע דומה ב־23 באוקטובר התפוצצה משאית תופת במפקדת הנחתים האמריקנים בביירות, והרגה כ־150 חיילים אמריקאים, דבר שהביא לנסיגת כוחות צרפת וארצות הברית מלבנון. ההתנגדות לצה"ל בלבנון התחזקה, ושהיית צה"ל בקו האוואלי גבתה מחיר דמים יומיומי. בעסקת חילופי שבויים כואבת הוחלפו 4,700 מחבלים ואסירים ביטחוניים כנגד שישה חיילי נח"ל שהיו בשבי אש"ף.

ב־6 בדצמבר 1983 התפוצץ מטען חבלה באוטובוס בירושלים וגבה שישה הרוגים ועשרות פצועים. ב־12 באפריל 1984 השתלטו מחבלים על אוטובוס בקו 300 בדרכו מתל אביב לאשקלון (פרשת קו 300). במאי 1984 חשף העיתון "חדשות" את העובדה כי המחבלים נותרו בחיים לאחר החטיפה, והביא צילום שצילם אלכס ליבק, שהראה את המחבלים בחיים; כעבור זמן התברר כי אהוד יתום, איש שירות הביטחון הכללי, הרג שני מחבלים שנתפסו בעודם חיים בפעולת החילוץ של האוטובוס, וזאת בהוראת ראש שירות הביטחון הכללי, אברהם שלום. תגובתו של שמיר הייתה מינוי ועדת בירור פנימית ("ועדת זורע"), ובריאיון לעיתונות הודיע "הייתה חריגה – זה לא יישנה". בפועל שיבשו אנשי שב"כ את החקירה, וניסו להטיל את האשמה בהריגת המחבלים על תת-אלוף יצחק מרדכי. פרשה זו הביאה למשברים חמורים בתקופת כהונתו השנייה של שמיר בראשות הממשלה.

ב־27 באפריל 1984 חשף השב"כ את קיומה של "המחתרת היהודית", שהתברר כי עמדה מאחורי פעולות שבוצעו בשנות השמונים והן: ההתנקשות בראשי ערים פלסטיניים, ירי במכללה האסלאמית בחברון וניסיון לפיצוץ אוטובוסים שהסיעו ערבים במזרח ירושלים.

על רקע כל אלו, והתחושה הקשה ששררה בארץ, נראה היה כי סיכוייו של שמיר לזכות בתפקיד לאחר הבחירות לכנסת האחת עשרה קלושים, וכי מועמד המערך (השני), שמעון פרס, יהיה לראש הממשלה הבא. שמיר הצליח להגיע להבנה עם דוד לוי, שנמנע מלהתמודד על מועמדות הליכוד בבחירות, אך אריאל שרון, שלא נחשב לאיום ממשי, הודיע במפתיע על התמודדותו. בהתמודדות שנערכה במרכז הליכוד זכה שמיר ב-59% בעוד שרון זכה ב-41% – הישג שהותיר את ראש הממשלה, כדבריו, "נדהם".

על אף שרבים צפו את ניצחונו הגורף של המערך (השני) בבחירות לכנסת האחת עשרה, הצליח שמיר לצמצם את הירידה הצפויה של הליכוד בבחירות מ-48 מנדטים להישג של 41 מנדטים. הישג זה גרם לכך ששמעון פרס לא הצליח להקים ממשלת שמאל צרה, והסיעות הדתיות לא רצו להצטרף לממשלה בראשותו, אלא אם יצטרף אליה גם הליכוד. בסופם של מגעים ארוכים, ולאחר שהנשיא חיים הרצוג הטיל על פרס להרכיב ממשלה. פרס כשל בניסיונו להרכיב ממשלה, ובתיווך חיים הרצוג עצמו בצעד חסר תקדים, הצליח להביא להסדר שלפיו ישמש פרס שנתיים בראשות הממשלה, ושנתיים ישמש שמיר בתפקיד. בפעם הראשונה מאז עלה הליכוד לשלטון הוקמה ממשלת אחדות לאומית, שנשענה על רוב מוצק של 97 חברי כנסת. יצחק רבין היה בממשלה זו לשר הביטחון למשך כל התקופה, יצחק מודעי לשר האוצר (מאוחר יותר הוחלף במשה נסים עקב סכסוך עם שמעון פרס), ואילו שמיר החל את דרכו כשר החוץ וממלא מקום ראש הממשלה, לפי הסכם רוטציה שקבע כי בשנת 1986 יתפטר שמעון פרס, ימליץ על יצחק שמיר בפני הנשיא, וזה יקים ממשלה בעלת הרכב כמעט זהה עם שמעון פרס כשר חוץ.

בפני הממשלה החדשה עמדו שני אתגרים עיקריים, שבסופו של דבר הושגו היעדים שהוצבו לגביהם. האתגר הכלכלי, דהיינו הדברת האינפלציה וייצוב המשק, ויציאתו של צה"ל מלבנון.

תוכנית הייצוב הכלכלית של 1985 הביאה לבלימת האינפלציה, שהיוותה סכנה של ממש למשק הישראלי וליציבותה של מדינת ישראל.

תוכניתו של יצחק רבין לסגת לקו שכונה "רצועת הביטחון" בלבנון, הובאה לאישור הממשלה בינואר 1985. שמיר היה בין המתנגדים לנסיגה, והצביע כנגדה בממשלה, כמו גם כל שאר שרי הליכוד. על אף התנגדותו של שמיר, הנסיגה אושרה בממשלה, בוצעה בשלושה שלבים והסתיימה ביוני 1985.

בצעד מעורר מחלוקת החליטה הממשלה במאי 1985, בתמיכת שמיר, על "עסקת ג'יבריל", שבמסגרתה שוחררו 1,150 מחבלים תמורת שלושה חיילים שהוחזקו על ידי ארגון הטרור של אחמד ג'יבריל. שמיר טען כי "לא יעלה על הדעת שמחבלים רוצחים ישוחררו ויהודים שפעלו נגדם יישארו בכלא", ותבע את שחרור אסירי המחתרת היהודית. בצעד יוצא דופן תמך שמיר בהצעת חוק פרטית לשחרור אסירי המחתרת, שנדחתה על ידי הכנסת ביולי 1987, לאחר ששר המשפטים אברהם שריר התנגד לה. בסופו של דבר קוצרו בצורה משמעותית עונשי המאסר של אסירי המחתרת.

באוקטובר 1985 היה שמיר בין המחליטים על הפצצת מפקדות אש"ף בתוניס (מבצע רגל עץ) כתגובה למעשה טרור שבו נרצחו ישראלים בנמל לרנקה בקפריסין.

שיתוף הפעולה בין שמיר ופרס הביא להישגים נוספים בתקופה זו, שהחשוב שבהם הוא העלאת יהודי אתיופיה במסגרת מבצע משה, וכן כינון יחסים רשמיים עם מרוקו, שהוכרז בביקור מפתיע של שמעון פרס במרוקו ביולי 1986.

שמיר היה מעורב בפרשת איראן–קונטראס במסגרתה תמך ביוזמתו של פרס לתיווך ישראלי במגעים בין גורמי הנהגה מתונים באיראן וחזבאללה לבין ממשל רייגן בבית הלבן. העסקה נבנתה כך שישראל מכרה נשק לאיראן, באישור אמריקאי, ובתמורה שחרר חזבאללה בלבנון בני ערובה אמריקאים שהחזיק. התשלום שהתקבל מאיראן תמורת הנשק, בניכוי הוצאות ועמלות, הועבר לממשל האמריקאי מבלי שנרשם בספרים. כך יכול היה הממשל להשתמש בכסף זה ללא פיקוח או ידיעה של הקונגרס למימון המורדים במשטר הסנדיניסטי בניקרגואה (הקונטראס), שהואשם על ידי הנשיא רונלד רייגן בתמיכה במרידות קומוניסטיות במרכז אמריקה. המגעים תחילה נערכו ביוזמתו של היועץ לביטחון לאומי האמריקאי, רוברט מקפרלן, אך שמיר ופרס טענו כי על מקפרלן ליידע את מזכיר המדינה ג'ורג' שולץ בנעשה. מקפרלן יידע את שולץ רק לאחר קבלת הוראה ישירה מהנשיא רייגן. כל הפרשה הייתה למעשה לשיתוף פעולה ישראלי עם הממשל האמריקאי שפעל מאחורי גבו של הקונגרס במהלך בלתי חוקי. זעם ציבורי רב פרץ נגד הממשל האמריקאי בעקבות דליפת המגעים לתקשורת אך יחסיה של ארצות הברית עם ישראל כמעט שלא נפגעו.

ממשלת האחדות סבלה מקרעים פנימיים, והיחסים המתוחים בין מרכיביה היו לשם דבר. באפריל 1986 פוטר מתפקידו שר האוצר מודעי, לאחר שכינה את פרס "ראש ממשלה מעופף". במסגרת הסכם ממשלת האחדות, היה על פרס למנות במקום מודעי שר אוצר שגם הוא חבר הליכוד, ופרס בחר במשה נסים.

גם בצמרת הליכוד היו היחסים מתוחים. ועידת התנועה במרץ 1986 התפוצצה לאחר ששמיר התייחס למקורבי דוד לוי כ"חבורת פושעים". בנובמבר השלימו השניים ב"סולחה" מתוקשרת, אך זאת למראית עין בלבד. המתיחות בין לוי ושמיר תוסיף לפצל את הליכוד עד ל"נאום הקופים" של לוי בשנת 1992, שבו טען כי שמיר ואנשיו רואים בו "קוף שזה עתה ירד מן העצים".

על אף שרבים קראו לו שלא לעשות כן, ולאחר מספר ימי מתח שלוו במשברים קואליציוניים ובהכרזות סותרות, עמד שמעון פרס בדיבורו, וב-20 באוקטובר 1986 התפטר מתפקיד ראש הממשלה, על מנת להעביר לשמיר את ראשות הממשלה. בממשלתו החדשה של שמיר מונה פרס לשר החוץ.

לאחר השלמת הנסיגה מלבנון והדברת האינפלציה, שהיו למטרותיה העיקריות של הממשלה בשנתיים הראשונות לקיומה, עמד על הפרק הסדר עתידם של יהודה שומרון ועזה שהוחזקו בידי ישראל מאז מלחמת ששת הימים. אך פרס ושמיר החזיקו בדעות קוטביות לגבי קידום התהליכים המדיניים בעניין זה.

בשעת חטיפת אוטובוס קו 300 שהחלה את פרשת טיוח הרג המחבלים, היה שמיר בפגישה של מרכז תנועת החרות לקראת הבחירות לכנסת ה-11 ולא היה מעורב בעניין. לאחר האירוע, דיווח לו ראש השב"כ ששני מחבלים נהרגו במהלך ההשתלטות ושניים נהרגו בדרך לבית החולים ושמיר לא חקר מעבר לכך. לאורך כל הדרך, החל מהפרסומים בתקשורת לאחר החטיפה, דרך דיווחו של ראובן חזק לשמעון פרס באוקטובר 1985, וכלה בדרישה של יצחק זמיר לפתוח בחקירה, התנגד שמיר לחקירת הנושא כי סבר שהדבר יזיק לשב"כ. ב-1986, כאשר היועץ המשפטי לממשלה יצחק זמיר ביקש לחקור את הנושא, העבירו שמיר ופרס את התיק לטיפול המשטרה, דבר שהביא לפיטוריו למעשה של זמיר (אף שהוצגו כהתפטרות). לאחר שהפרשה התפרסמה, תמך שמיר במתן חנינה לאנשי השב"כ שהיו מעורבים בהריגה ובחיפוי. שמיר כינה את הפרשה "הבעיה הקשה והעקרונית ביותר מאז קום המדינה"[דרוש מקור]. ראש השב"כ, אברהם שלום, טען שפעל בסמכות וברשות ושקיבל אישור למעשיו משמיר. לטענתו, מספר חודשים לפני חטיפת האוטובוס, בנובמבר 1983, שוחח עם שמיר על מה שיש לעשות במחבלים במקרה של חטיפה או פיגוע מיקוח, ושמיר הורה לו לא לתת למחבלים לצאת חיים מפיגוע מיקוח. כן טען שלום שלאחר הריגת המחבלים הוא דיווח על כך לשמיר וקיבל ממנו אישור לחיפוי שנעשה בוועדת זורע. שמיר הכחיש את הטענות הללו ב-24 ביוני 1986 בעת הכנת בקשת החנינה לאנשי השב"כ, אך למרות זאת המילים "ברשות ובסמכות" נכללו בבקשת החנינה. הטענות נבדקו על ידי צוות חקירה של משרד המשפטים, שכלל את יהודית קרפ ואת עדנה ארבל, ובדו"ח בנושא שפורסם ב־29 בדצמבר 1986 קיבל צוות החקירה את גרסתו של שמיר. בדו"ח נקבע שלא נמצאה תמיכה לגרסתו של שלום, בעוד שגרסתו של שמיר נתמכה חלקית מאנשים שונים, וכן שנמצאו תמיהות בגרסתו של ראש השב"כ. כן נקבע שלא ניתן לבסס האשמה על עד יחיד שנתן הוראה לשבש מהלכי חקירה.

משבר נוסף אירע כאשר התברר כי המשך פיתוח מטוס הקרב "לביא" יעמיס על המדינה נטל תקציבי שלא תוכל לשאתו. באוגוסט 1987 החליטה הממשלה על ביטול הפרויקט, זאת לאחר דיונים סוערים והפגנות סוערות של עובדי התעשייה האווירית. שמיר עמד בלחצים חמורים, כאשר יורשו המיועד וחברו לדעה, משה ארנס, עמד בראש התומכים בפרויקט, ומולו עמד הלחץ האמריקני, כאשר האמריקאים חששו כי המטוס יתחרה בתוצרת האמריקנית, וכן העובדה כי צה"ל, משיקוליו הוא, הפחית בהרבה את כמות המטוסים שהיה בדעתו לרכוש. על אף שהדבר נגד כמה מגישותיו הבסיסיות של שמיר, הוא עמד אחרי החלטת הממשלה לבטל את תוכנית הלביא, החלטה שהתקבלה ברוב של קול אחד, אך התוצאה הייתה התפטרותו של ארנס מן הממשלה. לאחר פיטורי יותר מ-4,000 עובדים, הוא הרגיע את עובדי התעשייה האווירית השובתים בהבטחות לגבי "חלופות הלביא" – עבודות שתוקצבו בכספי הפיצויים שהתקבלו מארצות הברית.

פרשה נוספת שלה נדרש שמיר הייתה "פרשת פולארד" שהחלה עוד בכהונתו הראשונה כראש ממשלה. בנובמבר 1985 נעצר בארצות הברית יונתן פולארד, עובד המודיעין של הצי שריגל לטובת ישראל. הפרשה הביאה למשבר ביחסי ישראל–ארצות הברית. ועדת חקירה בראשות יהושע רוטנשטרייך ואבא אבן קבעה במאי 1987 כי לממשלה אחריות קולקטיבית לעניין זה, אך לא הסיקה מסקנות אישיות כלפי אף אחד מהמכהנים בממשלה.

בשנים אלה ניהל שר החוץ שמעון פרס משא ומתן עם מדינות ערב בניסיון להגיע להסדר מדיני. ניסיונותיו של פרס נבלמו על ידי שמיר. עוד בנובמבר 1985 טענו אישים בימין כי פרס נפגש עם חוסיין, מלך ירדן, והגיע עמו להסכמות. באפריל 1987 התפרסם כי פרס נפגש עם חוסיין והגיע להסכמות (שכונו "הסכם לונדון") שכללו כינוס ועידה בינלאומית ומשא ומתן ישיר בין הצדדים, שבסופו של דבר יביא לקבלת אחריות ירדנית על יהודה והשומרון. לשמיר הייתה השפעה רבה על חברי הממשלה ולא היה סביר שהוא יאפשר לפרס לגייס רוב שיצביע בעד הסכם שלא תואם עם שמיר ואף לא הובא לידיעתו באופן רשמי. לבסוף התאפשר המשך כהונת הממשלה מתוך הבנה שבשתיקה באשר להסכם. שמיר טען כי מכיוון שההסכם לא הובא לממשלה אין להתחשב בו, ואילו פרס טען כי מכיוון שהממשלה ידעה על ההסכם אך מעולם לא דחתה אותו, הוא חופשי לפעול על פיו.

בפועל נמשך הסטטוס קוו המדיני. בהמשך קידם פרס יוזמת שלום של מזכיר המדינה האמריקאי ג'ורג' שולץ שדמתה להסכם לונדון באופיה, מכיוון שקראה לכינוס ועידה בינלאומית עם בוררים עבור שני הצדדים בסכסוך הישראלי-ערבי. שמיר סירב לקבל כל משא ומתן עקיף וכל ועידה בינלאומית שתיערך דרך מתווכים, ובעבור יוזמת שלום קבע תנאי מקדים של משא ומתן ישיר בין ישראל ונציגי ארצות ערב. במהלך 1987 הלך והידרדר המצב הביטחוני ביהודה ושומרון וחבל עזה, ובראשית יוני הביאו התפרעויות המוניות, שבאו במלאת 20 שנה למלחמת ששת הימים ולשליטה הישראלית ביהודה ושומרון וחבל עזה, לנפגעים בקרב האוכלוסייה הפלסטינית ולחיכוכים עם חיילי צה"ל ומתנחלים. בעקבות ההתפרעויות ערך צה"ל גל מעצרים, אך לא חל שינוי של ממש בחשיבה המדינית או בהיערכות הצבאית.

ב־9 בדצמבר 1987, פרצה ההתקוממות העממית בשטחים, המכונה האינתיפאדה.

האינתיפאדה הייתה בגדר הפתעה לדרג הצבאי ולדרג המדיני. שמיר ושר הביטחון יצחק רבין הנהיגו שורת צעדים, שכונו "מדיניות היד חזקה", בניסיון לבלום את האינתיפאדה. עשרות פלסטינים נהרגו בחודש הראשון להתקוממות. תחנות טלוויזיה ברחבי העולם שידרו תמונות של חיילים ישראלים חמושים המתמודדים נגד ילדים ונשים, ומכים עצירים באלות. גל מחאות כנגד מדינת ישראל התעורר בעולם.

במרץ 1988 התפרסמה תוכניתו של מזכיר המדינה האמריקאי ג'ורג' שולץ שלפיה תתכנס ועידה בינלאומית שתהיה לה סמכות לכפות החלטות על המשתתפים בה, וכי במהלכה יתקיים משא ומתן ישיר בין הישראלים ובין משלחת ירדנית-פלסטינית. על אף שפרס לחץ למתן תשובה חיובית למסמך, מנע שמיר כל דיון במסמך.

כצעד מעשי לדיכוי האינתיפאדה, אישרה הממשלה בראשות שמיר את מבצע הצגת תכלית, שמטרתו התנקשות בחיי אבו ג'יהאד, שנועדה לגדוע את מה שנראה כיד המכוונת את האינתיפאדה מתוניס, שם ישב מרכז אש"ף באותן השנים. חרף הצעדים הקשים שננקטו, וחרף ההתנקשות באבו ג'יהאד ב־16 באפריל 1988, לא הצליח צה"ל להפסיק את האינתיפאדה, אשר הפכה משורה של הפגנות עממיות לסדרת פיגועי טרור.

ב־1 בנובמבר 1988 התקיימו הבחירות לכנסת השתים עשרה. לאחר הבחירות הסתבר כי לליכוד, מפלגות הימין והדתיים היה רוב של 65 מנדטים; אך שמיר נתקל בקשיים בהרכבת הממשלה. החרדים העלו דרישות קיצוניות, ושמיר חש בנוח במסגרת ממשלת אחדות לאומית. לבסוף התגבשה ממשלת אחדות בהנהגתו, שבה היה שמיר ראש הממשלה למשך כל תקופת כהונתה, בעוד שמעון פרס היה שר האוצר וממלא מקום ראש הממשלה, ויצחק רבין המשיך לכהן כשר הביטחון. למרות חילוקי הדעות ששררו ביניהם, אם באופן בסיסי בשל השתייכותם למפלגות פוליטיות יריבות ואם לגבי עניינים אקטואליים שונים, שרר אמון אישי הדדי בין שמיר ובין רבין - שניים שרבו הסיפורים על היותם מסוגרים וחשדניים באופיים - בניגוד ליחסי האיבה והאי-אמון ששררו בין רבין ובין פרס.

בינואר 1989 הציג משה ארנס, שכיהן בממשלה זו כשר החוץ, "תוכנית שלום" בפני שר החוץ שולץ, שעיקרה משא ומתן עם מדינות ערב, ללא השתתפות אש"ף, על בסיס הסכמי קמפ דייוויד. יצחק רבין הציג תוכנית משלו, שעיקרה הגעה לרגיעה באינתיפאדה, ולאחר מספר חודשים קיום בחירות בשטחים שלאחריהן תפתח המנהיגות הנבחרת במשא ומתן עם ישראל שיוביל לאוטונומיה. שמיר, שהיה ראש ממשלה שהייתה כמעט משותקת בנושא המדיני בשל הפיצול הפנימי בה, לא ניסה לקדם אף אחת מהתוכניות הללו, וסייע להן לדעוך במהירות.

בנובמבר 1988 נבחר נשיא חדש בארצות הברית – ג'ורג' הרברט ווקר בוש. הממשל החדש בארצות הברית, שנכנס לתפקידו במקביל לתחילת פעולת ממשלת שמיר השלישית, הונהג על ידי מזכיר המדינה הפעלתן ג'יימס בייקר, שהכריז כי יש לשאת ולתת עם אש"ף וכי "על ישראל לוותר על החזון הלא-מציאותי של ארץ ישראל הגדולה". במאי 1989 אישרה הממשלה תוכנית שנקראה "תוכנית שמיר רבין", שכללה את הנקודות הבאות: חיזוק היחסים בין מצרים לישראל, כינון שלום בין ישראל לשאר מדינות ערב, פתרון בעיית הפליטים, וקיום בחירות בשטחים לבחירת נציגות פלסטינית שתנהל עם ישראל משא ומתן. חיזוק לתוכנית נתן נשיא מצרים חוסני מובארכ בספטמבר 1989. רבין בירך את תוכניתו של הנשיא המצרי, שכללה שלבים מעשיים לתחילת המשא ומתן, אך שמיר דחה אותה, והזהיר כי יפרק את ממשלת האחדות. בפגישה בקהיר עם רבין, שבה הציג את תוכניתו הצהיר מובארכ: "לא הזמנתי את שמיר כי נפגעתי ממנו והוא נפגע ממני". בדצמבר 1989 פרסם מזכיר המדינה בייקר, בהסתמך על יוזמת מובארכ, "חמש נקודות" להמשך המשא ומתן.

פעולתו של בייקר הביאה למשבר קואליציוני. בבסיס המשבר הייתה דרישתו של בייקר כי ישראל תקיים משא ומתן עם נציגות של התושבים הערבים של יהודה ושומרון וחבל עזה, כאשר עמדת הליכוד הייתה כי ערביי מזרח ירושלים לא יוכלו להשתתף בבחירות בשטחים ובתהליך המדיני. גישתו הבסיסית של שמיר הייתה מנוגדת לכל הסדר שיביא לפשרה טריטוריאלית, אך באותה עת קמה לו בתוך מפלגתו התנגדות מימין; דוד לוי, יצחק מודעי ואריאל שרון (שכונו יחדיו "החישוקאים") חברו נגדו, וקבעו קווים אדומים למשא ומתן, שאותם אסור לשמיר לעבור. קווים אלו לא אפשרו התקדמות, אף לוּ היה שמיר חפץ בה.

יחסי שמיר-שרון, שזמן רב היו קודרים, התקררו עוד יותר, כאשר ראש הממשלה סירב לשתף את שרון במגעים הסודיים שניהל לצד שר החוץ ארנס בטענה כי שרון ידליף את חומר לתקשורת על המגעים. בקרב תומכי שמיר עלתה הערכה כי פיטורי שרון יובילו לנפילת "החישוקאים". שמיר חשש מפני פילוג הליכוד ומפני פעילותו האפשרית של שרון מחוץ לפיקוחו בתוך הממשלה ועל כן החליט להבליג. בשביל להמשיך ולקדם את המשא ומתן להסדר מדיני נדרש שמיר להשיג רוב תומכים במשאל בקרב חברי מפלגתו. לקראת הוועידה שבה נועדה להיערך ההצבעה, שרון חיבל במערכת ההגברה ובמיקרופונים באולם הכינוס של הוועדה.

בוועידה הסוערת של הליכוד, שנערכה ב־12 בפברואר 1990 ב'גני התערוכה' בתל-אביב, הודיע שרון על התפטרותו מהממשלה, במהלך שהפתיע את המון חברי הליכוד כמו גם את מקורביו לוי ומודעי. לאחר מכן, ברגע ששמיר הציג את הצעתו להצבעת מחטף, שרון השתלט על המיקרופונים כשהוא צועק "מי בעד חיסול הטרור, ירים את ידו, מי בעד שיתוף ערביי מזרח ירושלים במשא ומתן ירים את ידו!" במשך שניות ארוכות זעקו שמיר ושרון לתוך המיקרופונים שלהם בניסיון להתגבר האחד על השני. כאוס נוצר ולא ניתן היה להבין מי מבין חברי התנועה תומך בשמיר ומי בשרון. בתוך כל הזעקות ניצל שמיר את המצב שלא אפשר הכרעה סדירה והכריז כי הצעתו התקבלה לסדר היום וכי הוועדה נסגרה. בפועל, המטרה של שרון ותומכיו לערער את מנהיגותו של שמיר כשלה, מכיוון שהודות לבלגן שנוצר בתוך ההצבעה יכול היה שמיר לקדם את המשא ומתן להסדר ללא ההצבעה.

האירוע הזכור בשם "ליל המיקרופונים" נחשב לחיזיון מביש ולשפל מדרגה בהתנהלות הפוליטית. תנועת "החישוקאים" כשלה במטרתה לשים כבלים על רגליו של שמיר והלה מצידו המשיך במסע ומתן בעקיפת ההצבעה הסדירה. בהמשך הגדיר שמיר את המהלך נגד מנהיגותו בתוך שורות הליכוד כ"מרד" וטען כי: שלושת ה"חישוקאים", השרים שרון, לוי ומודעי, תקפו אותי בזעם רב, ועד היום אינני יודע על מה בדיוק יצא קצפם."

יציבות הממשלה התדרדרה משמעותית לאחר שהתגלה כי עזר ויצמן, שהיה שר מטעם המערך, ניהל מגעים, בניגוד לחוק, עם אנשי אש"ף. החלטתו של שמיר לפטר בשל כך את ויצמן (שלא הועמד לדין בשל חסינותו כחבר הכנסת), הביאה למשבר חריף בממשלה ולמעשה לפירוקה. ויצמן, שהיה בעברו מנצי הליכוד והפך לסמן השמאלי של העבודה, ביצע אמנם צעד שלא היה מקובל על מרבית חבריו למפלגה, אך היחס שקיבל משמיר הראה לפרס כי בהרכב הנוכחי של הממשלה לא ניתן יהיה להביא לשינוי המדיני שבו חפץ, וכי אם ברצונו לבצע אותו עליו לפרק את מסגרת ממשלת האחדות.

מגעים חשאיים שניהל חיים רמון, איש מפלגת העבודה, עם אריה דרעי, איש ש"ס, הבשילו במרץ 1990 לכדי "התרגיל המסריח", שבו הפיל שמעון פרס את הממשלה בהצבעת אי אמון, על מנת להקים ממשלת שמאל-חרדים שתקדם את המשא ומתן, וזאת לאחר שהביא לפיטוריו על ידי שמיר עקב עמדותיו המדיניות. ברגע האחרון חזרו בהם רבים מחברי המפלגות הדתיות, ופרס נכשל בהרכבת הממשלה, פרס עשה אמנם ניסיון נוסף להקים ממשלה על ידי הבטחת תפקידים בממשלה ל"עריקים" מהליכוד אולם גם ניסיון זה נכשל. לאחר שלושה חודשים הצליח שמיר להרכיב ממשלת ימין-דתיים צרה, ומפלגת העבודה הייתה למפלגת אופוזיציה.

הממשלה החדשה המשיכה בקו הקשיחות המדינית של קודמתה, וזאת ביתר שאת, שכן אל הממשלה הצטרפה תנועת התחיה (יובל נאמן מונה לשר האנרגיה והתשתית, וגאולה כהן קיבלה את משרת סגן שר המדע והטכנולוגיה), צומת (רפאל איתן קיבל את תיק החקלאות) והחל מ־1991 צורפה אף מפלגת מולדת (רחבעם זאבי מונה לשר בלי תיק). אך אירועי הזמן הביאו למפנה דרמטי, כאשר באוגוסט 1990 פלשה עיראק, בראשותו של סדאם חוסיין, לכווית, והחל בכך את מלחמת המפרץ. בממשלה זו כיהן שמיר גם כשר הביטחון וכשר האוצר למשך שלושה חודשים, עד שמינה לתפקידים אלה, בהתאמה, את בן-בריתו הפוליטי משה ארנס ואת יצחק מודעי.

בינואר 1990 מודעי פרש מהליכוד, יחד עם ארבעה חברים נוספים מהמפלגה הליברלית והקים את "המפלגה לקידום הרעיון הציוני". בעקבות התרגיל המסריח, הוא נשא ונתן עם שמיר וקיבל שוב את תיק האוצר. בעת משא ומתן זה הדהים מודעי את הציבור, כאשר דרש ערבות כספית להבטחת מימוש ההסכם הקואליציוני עמו, דבר שהתפרש כחוסר אמון בהבטחה של ראש הממשלה שמיר.

האינתיפאדה הראשונה נמשכה. ב־14 במאי 1989 החליטה ממשלת ישראל על עריכת בחירות אזוריות ביהודה והשומרון, אולם החלטה זו לא מומשה. ב־6 ביולי 1989 אירע הפיגוע בקו 405, שבו מחבל דרדר את אוטובוס אגד קו 405 לתהום ליד קריית יערים ורצח 16 איש.

במאי 1988 פרצה מלחמה בין אמל לחזבאללה על השליטה בדרום לבנון, התחרות סביב אותו מאגר מגויסים פוטנציאלי וחילוקי דעות שונים בין הארגונים. אמל שקיבל סיוע מסוריה, הצדיק את מאבקו בחזבאללה בטיעון שחזבאללה מנסה להשתלט על דרום לבנון ולהפוך אותה למדינת הלכה איסלאמית שיעית נוסח איראן. הפסקת האש הראשונה שהושגה בין הארגונים בתיווך סוריה ואיראן ב-1989 במסגרת הסכם דמשק הופרה במהרה. אך לבסוף הושג ב-9 בנובמבר 1990 הסכם דמשק השני, בו הובטחה חזרתו של חזבאללה לדרום לבנון. הסכם זה איפשר לחזבאללה להתקרב לסוריה ולהדק עמה את קשריו. במהלך המאבק הפנימי בין ארגוני הטרור בדרום לבון, רוב האש של הארגונים הופנתה האחד נגד השני ולא נגד כוחות צה"ל ברצועת הביטחון.

אל הכוחות האמריקניים שהצטברו במזרח התיכון במבצע "מגן המדבר", שעתיד היה להפוך לאחר מכן למבצע "סופה במדבר", הצטרפה קואליציה של מדינות ערב, בהן ערב הסעודית, סוריה, מצרים ומדינות נוספות. הסיכוי היחיד של סדאם להתנגד לכוח שנאסף כנגדו היה להביא לפירוד בין מרכיבי הקואליציה באמצעות יצירת קשר בין ארצות הברית וישראל, שימנע ממדינות כסוריה את ההשתתפות בקואליציה. מסיבה זו היה חשוב ביותר כי ישראל לא תצטרף לכוחות הקואליציה, ולא תגיב מבחינה צבאית כנגד כל פרובוקציה עיראקית, על מנת לשמור על שלמות הקואליציה ולאפשר פעולה צבאית משולבת בין מרכיביה.

בלילה שבין 16 בינואר ו־17 בינואר 1991 החלה המתקפה של כוחות